用一粒稻谷鉴定籼稻和粳稻的分子标记方法

摘要

本发明属于生物类型鉴别技术领域，具体为一种利用一粒稻谷（或稻米）和插入或缺失（InDel）分子标记来鉴定籼稻和粳稻的方法。本发明从一粒稻谷中提取DNA，利用籼稻93-11和粳稻日本晴的全基因组DNA序列对比而获得的40对特异InDel引物，对水稻种子中提取的DNA进行片段扩增、电泳分离以及电泳图谱的分析来鉴定该水稻样本的籼、粳稻特性。具体而言，以一粒稻谷中提取的DNA为模板，利用40对InDel引物组合，基于聚合酶链式反应和琼脂糖电泳获得的分子指纹图谱进行分析和统计，根据样本40个InDel位点上的93-11基因型和日本晴基因型分子指纹计算出的基因频率（Fi或Fj），确定被测水稻种子（样品）的籼稻或粳稻特性。本发明仅需检测一粒种子的样品便可获得结果，方法简便快捷，鉴定准确，具有良好的推广应用前景。

主权项

一种用一粒稻米提取DNA样本的方法，其特征在具体步骤如下：（1）取一粒稻米，研磨成粉末，加入750μL CTAB 提取缓冲液；（2）缓冲液经氯仿/异戊醇萃取后，在7000~13000转/分钟条件下离心；（3）上清液中加入等体积沉淀缓冲液，于‑20℃放置30分钟，按步骤（2）离心；（4）沉淀物中加入500μL纯化液，重复步骤（2）；（5）上清液加入无水乙醇，‑20℃沉淀DNA，按步骤（2）离心，沉淀物经70%乙醇漂洗、离心后烘干。