| 摘要 |
Procedimiento para la generación de un mapa físico de por lo menos una parte de un genoma que comprende las etapas de: (a) proporcionar una muestra ADN; (b) generar un banco de clones de un cromosoma artificial (BAC, YAC) en el que cada clon de un cromosoma artificial; (c) combinar los clones de cromosomas artificiales en uno o más agrupaciones, en los que cada clon se encuentra presente en más de una agrupación, para crear una genoteca; (d) digerir el ADN de una o más agrupaciones con una o más endonucleasas de restricción para proporcionar un conjunto de fragmentos de restricción para cada agrupación; (e) ligar los adaptadores a uno o ambos lados de los fragmentos de restricción, en los que por lo menos un adaptador contiene un identificador específico de la agrupación o una sección redundante del identificador, respectivamente, para proporcionar fragmentos de restricción ligados al adaptador; (f) opcionalmente, combinar los fragmentos de restricción ligados al adaptador; (g) opcionalmente, amplificar los fragmentos de restricción ligados al adaptador de etapa (e) con por lo menos un cebador, comprendiendo dicho cebador una sección específica de la agrupación que corresponde a la sección del identificador específica de la agrupación en el adaptador o comprendiendo un identificador específico de la agrupación en la posición de la sección redundante del identificador, respectivamente, para proporcionar fragmentos de restricción ligados al adaptador amplificados etiquetados (amplicones); (h) opcionalmente, combinar los amplicones en un conjunto de amplicones combinados; (i) determinar la secuencia de por lo menos el identificador específico de la agrupación y una parte del fragmento de restricción de los fragmentos de restricción ligados al adaptador, de los amplicones o conjunto de amplicones combinados; (j) asignar las secuencias de fragmentos de restricción determinadas en los fragmentos de restricción ligados al adaptador o amplicones de la etapa (i) a los clones correspondientes utilizando los identificadores específicos de la agrupación; (k) construir un cóntigo basado en el emparejamiento de la secuencia de las secciones obtenidas del fragmento de restricción; (l) ordenar los fragmentos de restricción de la etapa (k) para construir de este modo cóntigo del clon y generar un mapa físico.
|
