一种microRNA探针序列的设计方法

摘要

本发明公开了一种microRNA探针序列的设计方法，包括以下步骤：从基因组序列中收集所有能形成茎环结构的茎种序列；计算各茎种序列及其附近100nt～150nt区域序列所形成的RNA二级结构；根据microRNA前体茎环结构特征对产生的RNA二级结构进行筛选，提取含microRNA的茎环结构；计算含microRNA茎环结构的自由能分布；使用microRNA茎环结构的自由能特征谱确定microRNA前体；使用标准转换关系将microRNA前体二级结构归属为成熟体等效长度；用设定的等效总长度在microRNA前体二级结构中截取microRNA成熟体序列并输出结果。

主权项

一种microRNA探针序列的设计方法，其特征在于，包括以下步骤：步骤(1)，从基因组序列中收集所有能形成茎环结构的茎种序列；步骤(2)，计算各茎种序列及其附近100nt～150nt区域序列所形成的RNA二级结构；步骤(3)，根据microRNA前体茎环结构特征对产生的RNA二级结构进行筛选，提取含microRNA的茎环结构；步骤(4)，计算含microRNA茎环结构的自由能分布谱；步骤(5)，使用microRNA茎环结构的自由能特征谱确定microRNA前体；步骤(6)，使用标准转换关系将microRNA前体二级结构归属为成熟体等效长度；步骤(7)，用设定的等效总长度在microRNA前体二级结构中截取microRNA成熟体序列并输出所述microRNA探针序列。