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Un método para aislar péptidos antigénicos en cantidades femtomolares, cuyo método consiste en (a)proporcionar complejos de moléculas de MHC II con péptidos antigénicos aislados a partir de células, muestras de tejido o fluido corporal de un organismo mamífero en una cantidad de 0,2 a 3 μg y (b)secuestrar los complejos mediante inmunoprecipitación, en el que los complejos están acoplados con anticuerpos específicos MHCII a cuentas, c)lavar los complejos unidos de moléculas MHCII con péptidos antigénicos con agua o tampón bajo en sal, donde el tampón bajo en sal es un tampón Tris, fosfato o acetato en un rango de concentración de 0,5 a 10 mM y d)eluir los péptidos antigénicos asociados de las moléculas MHC II.
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