captura e caracterização de cromatina co-localizada (4c)

摘要

CAPTURA E CARACTERIZAçãO DE CROMATINA COLOCALIZADA (4C). A presente invenção diz respeito em um aspecto a um método para analisar a freqúência de interação de uma seqUência de nucleotideos alvo com uma ou mais seqUências de nucleotideos de interesse (por exemplo, um ou mais loci genâmicos) que compreende as etapas de: (a) fornecer uma amostra de DNA reticulado; (b) digerir o DNA reticulado com uma enzima de restrição primária; (c) ligar as seqUências de nucleotídeos reticuladas; (d) reverter a reticulação; (e) digerir as seqUências de nucleotideos com uma enzima de restrição secundária; (f) ligar uma ou mais seqUências de DNA de composição de nucleotídeo conhecida ao (s) sítio (s) de digestão de enzima de restrição secundária disponível que flanqueiam uma ou mais seqUências de nucleotideos de interesse; (g) amplificar uma ou mais seqüências de nucleotideos de interesse usando pelo menos dois iniciadores de oligonucleotídeo, em que cada iniciador hibridiza para as seqUências de DNA que flanqueiam as seqUências de nucleotídeos de interesse; (h) hibridizar as seqUência (s) amplificada(s) em um arranjo; e (i) determinar a freqUência de interação entre as seqUências de DNA.