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Die Erfindung bezieht sich auf die schnelle und koProteinen mit Massenspektrometern, die eine Ionisierung durch matrixunterstützte Laserdesorption (MALDI) verwenden. Die Erfindung stellt ein verbessertes Verfahren für die Aufnahme von Massespektren der Fragmentionen aus "In-Source Decay" (ISD) bereit, mit dem sich lange N- und C-terminale Sequenzen der Aminosäuren eines Proteins aus nur einem einzigen Massenspektrum bestimmen lassen. Dazu werden erstens besondere Matrixsubstanzen verwendet, zweitens Laser mit kurzen Lichtpulsen und geeignetem Strahlprofil eingesetzt, und drittens die Massenspektren so aufgenommen, dass die Empfindlichkeit im unteren Massenbereich erniedrigt wird. Durch die Kombination dieser Maßnahmen wird eine Auswertbarkeit der c- und z-Fragmentionen im unteren Massenbereich erreicht. Um auch Fragmentionen hoher Massen aufzunehmen, wird die Verstärkung des Ionendetektors während repetierender Aufnahmen von Einzelflugzeitspektren allmählich angehoben, während leichte Ionen durch einen Ionenselektor zunehmend ausgeblendet werden. Es können damit in Fragmentionenspektgt, N-terminale Sequenzen vom Terminus her bis über 80 Aminosäuren hinaus, C-terminale Sequenzen bis über 60 Aminosäuren hinaus direkt gelesen werden. Werden keine zusätzlichen biochemischen Markierungen verwendet, so bleiben lediglich Leucin/Isoleucin und Glutamin/Lysin nicht ...
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