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La présente invention concerne un procédé d'extraction sélective d'esters d'acides gras fonctionnalisés, à partir de graines de plantes oléagineuses. Le procédé selon l'invention comprend: a) au moins une étape d'extraction des esters d'acides gras consistant en l'introduction simultanée dans un réacteur contenant lesdites graines, d'un alcool léger anhydre, d'un catalyseur basique et d'un solvant d'extraction non miscible avec ledit alcool léger et dans lequel ledit ester d'acide gras fonctionnalisé n'est pas soluble, conduisant à l'obtention d'un mélange d'esters et de glycérol, et b) au moins une étape d'extraction sélective des esters d'acides gras hydroxylés par introduction dans le réacteur dudit solvant d'extraction à contre-courant de l'alcool léger, conduisant à l'obtention d'une phase alcool enrichie en esters d'acides gras d'une phase glycérol et d'un tourteau. Ce procédé permet d'obtenir une fraction concentrée en esters d'acides gras fonctionnalisés, hydroxylés ou époxydés, d'une phase solvant contenant les autres esters d'acides gras non fonctionnalisés, directement à partir des graines de plantes oléagineuses.
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