一种直接从环境宏基因组克隆新功能基因的方法

摘要

本发明涉及分子生物学领域，具体地，本发明涉及一种直接从环境宏基因组克隆新功能基因的方法。本发明提供的方法主要包括两部分：第一部分，通过设计有效的简并引物直接通过降落PCR的方法从环境宏基因组中扩增大量的目标片段序列；第二部分，以第一部分中获得的目标片段为基础，进一步通过改进的TAIL-PCR获得完整的目标功能基因。该方法有效，经济，简单，可以特异性的从环境宏基因组文库中，直接克隆目标序列。并且该方法不需要分离培养微生物，也不需要构建宏基因组文库，因此该方法在从特殊环境中直接克隆具有特点的基因方面具有很好的应用前景。

主权项

一种直接从环境宏基因组克隆新功能基因的方法，其特征在于，所述方法包括以下步骤：1)分离含目的基因的环境宏基因组DNA；2)基于目的基因的保守序列设计简并引物对；3)利用简并引物从含目的基因的环境宏基因组DNA中克隆目的基因的部分片段，比对所得的目的基因的部分片段，并选出用于目的基因克隆的片段；4)根据用于目的基因克隆的片段的序列设计4个特异性引物对，从上游至下游依次为特异性引物对SP1、SP2、SP3和SP4，各特异性引物对分别包含特异性上游引物和特异性下游引物；5)以特异性引物对SP1对所述用于目的基因克隆的片段进行第一轮TAIL-PCR扩增；6)以特异性引物对SP2对和简并引物对第一轮TAIL-PCR产物进行第二轮TAIL-PCR扩增；7)以特异性引物对SP3对和简并引物对第二轮TAIL-PCR产物进行第三轮TAIL-PCR扩增；8)以特异性引物对SP4对和简并引物对第三轮TAIL-PCR产物进行第四轮TAIL-PCR扩增；9)分析第三轮和第四轮TAIL-PCR扩增产物，通过拼接获得目的基因的全序列。