检测HIV耐药变异体的系统和方法

摘要

在本发明的一个实施方案中描述了检测一个或更多个与耐药性相关的HIV序列变异体低频出现的方法，其包括从HIV样品群的RNA分子生成cDNA种类；从cDNA种类扩增第一扩增子，其中各扩增子包括已扩增拷贝并用限定基因座的核酸引物对扩增；克隆扩增第一扩增子的已扩增拷贝生成第二扩增子，其包括来自第一扩增子已扩增拷贝之一的基本相同拷贝的固定化群；在单个仪器上平行测定来自至少100个固定化群的核酸序列组合物；检测在该至少100个固定化群的核酸序列组合物中出现频率为5％或更低的一个或更多个序列变异体；以及将所检测序列变异体与HIV耐药性相关变异相关联。

主权项

1.检测一个或更多个与耐药性相关的HIV序列变异体低频出现的方法，其包括以下步骤：(a)从HIV样品群中各RNA分子生成复数个cDNA种类；(b)从cDNA种类扩增复数个第一扩增子，其中各第一扩增子包括复数个已扩增拷贝并用限定第一扩增子基因座的核酸引物对扩增；(b)克隆扩增第一扩增子的已扩增拷贝以产生复数个第二扩增子，其中复数个第二扩增子包括来自第一扩增子已扩增拷贝之一的基本相同拷贝的固定化群；(c)在单个仪器上平行测定来自至少100个固定化群的基本相同拷贝的核酸序列组合物；(d)检测该至少100个固定化群的核酸序列组合物中以5％或更低频率出现的一个或更多个序列变异体；以及(e)将所检测序列变异体与HIV耐药性相关变异相关联。