一种基于EST数据库和UniGene数据库的基因挖掘方法

摘要

一种基于EST数据库和UniGene数据库的基因挖掘方法，它涉及应用生物信息学领域。它克服了现有的基因挖掘方法中无法正确挖掘与性状相关的诱导基因的问题。本发明的方法利用EST数据库中的EST序列将UniGene数据库中的表达基因UniGene转录组的EST表达量数字化，构建超几何分布检验，并结合FDR方法调整表达基因UniGene转录组的差异表达的超几何分布检验值P-value，筛选异常状态响应基因，最后利用RT-PCR技术验证所述响应基因为与性状相关的诱导基因。本方法可以用于人类疾病发生、动植物生长发育调控、动植物疾病调控过程以及动植物逆境胁迫等性状相关诱导基因的挖掘。

主权项

1.一种基于EST数据库和UniGene数据库的基因挖掘方法，其特征在于它的挖掘过程为：步骤A：下载EST数据库和UniGene数据库，并对所述的UniGene数据库中的EST序列信息按照物种类型进行分类，接下来执行步骤B；步骤B：对所述的EST文库注释信息进行信息检索，进而对EST文库注释信息进行分类，接下来执行步骤C；步骤C：根据EST文库注释信息的分类信息计算表达基因UniGene转录组的EST表达量，接下来执行步骤D；步骤D：对所获得的表达基因UniGene转录组的EST表达量进行超几何分布检验，计算获得表达基因UniGene转录组差异表达的超几何分布检验值P-value，接下来执行步骤E；步骤E：采用FDR方法调整表达基因UniGene转录组差异表达的超几何分布检验值P-value，接下来执行步骤F；步骤F：设置表达基因UniGene转录组差异表达的超几何分布检验值P-value阈值为0.01，筛选异常状态响应基因，接下来执行步骤G；步骤G：利用RT-PCR技术验证所筛选出的异常状态响应基因为与性状相关的诱导基因。