一种基于等位基因特异性扩增的双探针基因突变检测方法及其专用芯片和试剂盒

摘要

本发明涉及基因分析领域中一种鉴别基因突变类型的方法及其专用芯片与试剂盒。本发明所提供的基因突变检测方法，是以待检测的来自于人体组织的基因组为模板，用针对特定突变位点设计的引物组和没有3’-5’端外切酶活性的DNA聚合酶进行多重等位基因特异性PCR扩增，然后将得到的PCR产物与基因芯片上的寡核苷酸探针(等位基因特异性探针)进行杂交，根据杂交结果确定各基因位点的突变类型。所述等位基因特异性探针，是指针对待测基因突变位点的特定基因型所设计的探针。本发明可以全面、系统、高通量地检测基因突变，与PCR-RFLP和测序法相比较，本发明环境污染轻，操作简单快捷。

主权项

1、一种基于等位基因特异性扩增的双探针基因突变检测方法，包括如下步骤：以待检测的来自于人体组织的基因组为模板，用针对突变位点设计的引物组和没有3’-5’端外切酶活性的DNA聚合酶进行多重等位基因特异性PCR扩增，然后将得到的PCR产物与相应的根据该突变位点设计的等位基因特异性探针进行杂交，根据杂交结果确定各基因位点的突变类型；其中所说的引物组包括以下5条引物：野生型等位基因内引物Inner primer-W、突变型等位基因内引物Inner primer-M、野生型等位基因外引物Outer primer-W、突变型等位基因外引物Outer primer-M、特异性扩增辅助引物GC-primer；所述等位基因特异性内引物的结构为：靠近其5’端的是一段长度为8-15nt的由G和C组成的与模板DNA不匹配的序列；靠近其3’端的是一段包括17-30nt的序列，且3’端最后一个碱基恰好位于待检测的一个基因突变位点上，与该位点的突变型或野生型碱基匹配，其余碱基与突变位点前的相应片段完全匹配；所述各个位点共用的特异性扩增辅助引物GC-primer是一段由G和C组成的序列，该序列与所述等位基因特异性内引物的靠近5’端部分完全相同；每个基因突变位点对应两组寡核苷酸探针，分别对应于野生型等位基因和突变型等位基因，每组探针又包括一条长度为14-25nt的等位基因特异性短探针和一条长度为50-70nt等位基因特异性长探针，所述的每个突变位点的野生型等位基因特异性探针和突变型等位基因特异性探针分别与前面所描述的经等位基因特异性扩增生成的包含该突变位点的野生型碱基和突变型碱基的核苷酸片段匹配；所述等位基因基因特异性短探针与扩增片段上包含该基因突变位点的一段序列匹配，所述等位基因基因特异性长探针与位于扩增片段上该基因突变位点下游但不包含该位点的一段序列匹配。