多色荧光复合扩增11个肺癌易感性相关SNP位点试剂盒

摘要

本发明涉及一种用于体外一次性多色荧光复合扩增肺癌易感性相关的11个SNP基因座的试剂盒，是由分离包装的引物混合物、DNA聚合酶、缓冲液、质控DNA样品和等位基因分型标准物混合物构成。引物混合物由11条荧光标记的共享引物和22条针对不同等位基因的长度特异性引物组成，具体组成为：引物混合物2.0ml(不同基因座引物浓度不相同，从30nM-240nM)；DNA聚合酶1000u；缓冲液2.0ml；等位基因分型标准物混合物总量1ml；质控DNA0.1ml(10ng/ul)。本发明在最佳引物配比条件下，可快速、准确获得11个肺癌易感性相关的SNP位点的基因型。

主权项

1、一种11个SNP位点多色荧光复合扩增试剂盒，该试剂盒包括a)引物混合物，b)DNA聚合酶，c)含MgCl2的缓冲液，d)质控DNA，e)等位基因分型标准物混合物，引物混合物由11条荧光标记共享引物和22条针对不同等位基因的长度特异性引物组成，分别针对11个肺癌相关SNP基因位点，分别是RASSF1(Ala133Ser)，MBD4(Glu346Lys)，XPD(Lys751Gln)，XRCC1(194Trp/Arg)，ADPRT(Val762Ala)，CYP1B1(Val 432Leu)，REV1(Phe257Ser)，XPC(Lys939Gln)，GSTM4(T2517C)，AXIN2(Pro50Ser)，PLOI(Thr706Ala)，11个SNP基因位点引物序列为：RASSF1-pub-5’-F1-GAAGCCCTGGGTTCCTCAA-3’，RASSF1位点共享引物，RASSF1-spe1-5’-GATCTTCTGCTCAATCTCGGC-3’，RASSF1位点针对C等位基因的特异性引物，RASSF1-spe2-5’-TATAGATCTTCTGCTCAATCTCGGA-3’，RASSF1位点针对A等位基因的特异性引物，MBD4-pub-5’-F1-TTTCCTGGTTGGTGAGCAGTT-3’，MBD4位点共享引物，MBD4-spe1-5’-GCCAAAGACTCAGAACACACCA-3’，MBD4位点针对A等位基因的特异性引物，MBD4-spe2-5’-TATATCCAAAGACTCAGAACACATCG-3’，MBD4位点针对G等位基因的特异性引物，XPD-pub-5’-F1-CGGACATCTCCAAATTCATTCA-3’，XPD位点共享引物，XPD-spe1-5’-CTGAGCAATCTGCTCTATCCTGTT-3’，XPD位点针对T等位基因的特异性引物，XPD-spe2-5’-TATACTGAGCAATCTGCTCTATCCTATG-3’，XPD位点针对G等位基因的特异性引物，XRCC1-pub-5’-F1-TCCAGACAAAGATGAGGCAGAG-3’，XRCC1位点共享引物，XRCC1-spe1-5’-CTGGGGATGTCTTGTTGAACC-3’，XRCC1位点针对G等位基因的特异性引物，XRCC1-spe2-5’-TATATTGGGGATGTCTTGTTGAGCT-3’，XRCC1位点针对A等位基因的特异性引物，ADPRT-pub-5’-F2-CAGCAGGAGGGTTTGCCA-3’，ADPRT位点共享引物，ADPRT-spe1-5’-AGCAGGTTGTCAAGCATTTACG-3’，ADPRT位点针对C等位基因的特异性引物，ADPRT-spe2-5’-TATAAGCAGGTTGTCAAGCATTTACA-3’，ADPRT位点针对T等位基因的特异性引物，CYP1B1-pub-5’-F2-GAGGGACCGTCTGCCTTGTA-3’，CYP1B1位点共享引物，CYP1B1-sep1-5’-CCGGGTTAGGCCACTTGAG-3’，CYP1B1位点针对C等位基因的特异性引物，CYP1B1-sep2-5’-TATACCGGGTTAGGCCACTTTAC-3’，CYP1B1位点针对G等位基因的特异性引物，REV1-pub-5’-F2-AGTCAATGGCATGAACAGTTGG-3’，REV1位点共享引物，REV1-spe1-5’-CCTTATCCTCCTCCTGGGAAA-3’，REV1位点针对T等位基因的特异性引物，REV1-spe2-5’-TATACCTTATCCTCCTCCTGGGTAG-3′，REV1位点针对C等位基因的特异性引物，XPC-pub-5’-F2-TGATTACTAACCCTCGCCTGTG-3’，XPC位点共享引物，XPC-spe1-5’-GGCGCTCAGCTCACAGGTT-3’，XPC位点针对A等位基因的特异性引物，XPC-spe2-5’-TATAAGCGCTCAGCTCACAGTTG-3’，XPC位点针对C等位基因的特异性引物，GSTM4-pub-5’-F3-GGAAAGGCGTCCAAGCAGT-3’，GSTM4位点共享引物，GSTM4-sep1-5’-GGCCATGGTTTGTTGGACAC-3’，GSTM4位点针对C等位基因的特异性引物，GSTM4-sep2-5’-TATAGGCCATGGTTTGTTGGATAT-3’，GSTM4位点针对T等位基因的特异性引物，AXIN2-pub-5’-F4-CAGCAGCAGCTTCCGTGAG-3’，AXIN2位点共享引物，AXIN2-spe1-5’-CCTGGTGTTGGAAGAGACTGG-3’，AXIN2位点针对C等位基因的特异性引物，AXIN2-spe2-5’TATACCTGGTGTTGGAAGAGACCGA-3’，AXIN2位点针对T等位基因的特异性引物，PLOI-pub-5’-F4-CAGATAGCCATAAGCAAACAGTAGC-3’，PLOI位点共享引物，PLOI-spe1-5’-ATGTGGAAATCTGATCCGGC-3’，PLOI位点针对G等位基因的特异性引物，PLOI-spe2-5’-TATAATGTGGAAATCTGATCCGGT-3’，PLOI位点针对A等位基因的特异性引物，四种荧光素的名称分别为：F1：蓝色荧光标记物FAM；F2：黄色荧光标记物TAMRA；F3：绿色荧光标记物JOE；F4：红色荧光标记物ROX；四种荧光标记物可以互换。