| 摘要 |
本发明提供了通过沿单链模板进行双链体延伸的连续循环测定核酸序列的方法。该循环包括以下步骤：延伸、连接、优选切割。在某些实施方式中，所述方法利用了含有硫代磷酸酯连接的延伸探针，并利用了适合切割这种连接的物质。在某些实施方式中，所述方法利用了含有脱碱基残基或损伤碱基的延伸探针，并利用了适合切割核苷和脱碱基残基之间的连接的物质和/或适合去除核酸中的损伤碱基的物质。本发明提供了用至少两种区别标记的探针家族测定序列信息的方法。在某些实施方式中，该方法在每个循环中从模板的多个核苷酸中各自获得小于2位信息。在某些实施方式中，对连接于微粒的模板进行测序反应，该珠固定在半固体支持物中或之上或连接于基材。本发明还提供了适用于该方法的含有硫代磷酸酯连接或引发残基的标记的延伸探针组。此外，本发明包括去除起始寡核苷酸和延伸链以及用不同起始寡核苷酸进行后续反应，从而在一个模板上进行多个测序反应。本发明还提供了制备模板，特别是对多种不同模板进行平行测序的有效方法。本发明也提供了进行连接和切割的方法。本发明也提供了含有成对标签的核酸片段新文库、制备连接有多种不同模板(如含有成对标签)的微粒和单独测序这些模板的方法。本发明也提供了自动化测序系统、流动室、图像加工方法和储存计算机可执行指令(如进行图像加工方法)和/或序列信息的计算机可读介质。在某些实施方式中，将序列信息储存于数据库中。本发明还提供封闭寡核苷酸和用其促进测序的使用方法。还提供含有连接有模板并在不存在半固体介质的情况下连接于基材的微粒的阵列，和对该模板测序的方法。本发明还提供用微粒将模板“印迹”到半固体介质或基材上产生的核酸集落阵列，及其测序方法。 |
