深海沉积物总基因组的抽提方法

摘要

深海沉积物总基因组的抽提方法，包括样品的处理和DNA的抽提。用无菌人工海水基本盐溶解离心收集的深海沉积样品，向实验样品中加入高浓度细胞裂解液，在沸水浴中裂解细胞，加入酚/氯仿/异戊醇混和液离心，重复抽提，收集上清液；上清液用无水乙醇沉淀，离心收集沉淀；用乙醇洗涤沉淀物，沉淀物经真空干燥，溶解沉淀，即为基因组DNA提取液。本发明运用微生物学、生物化学、分子生物学、物理学和化学的原理，以解决针对生境特殊的深海微生物的总基因组DNA提取过程中存在的效率低、通用性差、产率低、花费高、样品耗量大等问题，从而提高深海样品中DNA的产率和种类数量，使其分子生态学研究结果更全面，更准确。

主权项

1. 深海沉积物总基因组的抽提方法，其特征在于：包括：1)样品的处理：用无菌人工海水基本盐溶解收集的深海沉积样品，混匀后收集上清液，对沉积物重复溶解洗涤，收集上清液；上清液置于离心机中离心，收集菌体；菌体用灭菌磷酸盐缓冲液洗涤、离心除去杂质，收集到的沉积物为样品；2)DNA的抽提：①向样品中加入高浓度细胞裂解液，充分混匀，放入沸水浴中8-15min；②转入55-62℃水浴中水浴30min以上；③随后转入72℃水浴中水浴30min以上；④加入酚/氯仿/异戊醇混和液，混匀，在室温下静置10min，离心，重复抽提，收集上清液；⑤上清液用-20℃至4℃的无水乙醇沉淀，沉淀温度为4℃，沉淀时间30min以上，离心收集沉淀；⑥用浓度为70％的乙醇洗涤沉淀物两次；⑦沉淀物置于室温或真空干燥，用TE或无菌去离子水溶解沉淀，即为基因组DNA提取液；所述人工海水基本盐的组分是：NaCl：24.4770；Na2SO4：3.9170；KCl：0.6640；MgCl2·6H2O：4.9810；CaCl2·H2O：1.1020；NaHCO3：0.1920；KH2PO4：0.1500；MnCl2·4H2O：0.2000；FeSO4·7H2O：2.0000；Na2S2O4：1.0000；其中各组分的单位为g/l；所述高浓度细胞裂解液的各成分的终浓度为：0.10mol/l≤EDTA≤0.30mol/l；0.005mol/l≤Tris·HCl≤0.150mol/l；0.10mol/l≤NaCl≤0.30mol/l；2％≤SDS的质量百分浓度≤7.5％；0.30％≤CTAB的质量百分浓度≤0.75％。