用于检测核酸、核酸的甲基化状态和突变体的包含信号对和疏水性核苷酸、无茎信标的寡核苷酸

摘要

本发明涉及包含信号对和至少疏水性核苷酸的新颖寡核苷酸。寡核苷酸类似物可用于检测核酸序列的状态，如存在、表达、甲基化和/或突变(特别是单点突变)，以及其中正确靶和其它靶之间的差异可小至一个核苷酸的其它序列的状态。本发明还涉及通过使用寡核苷酸类似物和容易获得的仪器检测序列差异和优化条件的新方法。特别地，本发明涉及使用包含信号对和至少一个疏水性核苷酸(如包含嵌入剂的核苷酸类似物)的寡核苷酸或寡核苷酸类似物，特异性检测靶核酸的量或检测一个与其它序列之间的差异可能小至一个核苷酸的序列。

主权项

1. 一种寡核苷酸类似物，其包含n个核苷酸和/或核苷酸类似物的连续序列和至少一个疏水性核苷酸，其中所述寡核苷酸类似物共价连接至信号对，其中所述疏水性核苷酸具有通用结构X-Y-Q其中X是核苷酸或核苷酸类似物或能够掺入核酸或核酸类似物主链的主链单体单元，Q是不参与沃森-克里克氢键合的疏水性分子；和Y是连接所述核苷酸或核苷酸类似物或主链单体单元和所述疏水性分子的连接体部分；和其中n是至少为4的整数；和其中所述至少一个疏水性核苷酸被置于距一端最多9个核苷酸和/或核苷酸类似物的位置；和其中所述信号对由两部分系统组成，其中一个部分被置于距5′端最多6个核苷酸和/或核苷酸类似物的位置，而另一个部分被置于距3′端最多6个核苷酸或核苷酸类似物的位置；其中所述信号对的所述部分与所述疏水性核苷酸不同，条件是当所述信号对的一个部分作为悬挂端被置于5′端时，则5′端的第一个核苷酸或核苷酸类似物不是疏水性核苷酸；当所述信号对的一个部分作为悬挂端被置于3′端时，则3′端的第一个核苷酸或核苷酸类似物不是疏水性核苷酸。