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Un método para la preparación de fragmentos de polinucleótidos para su uso en el reordenamiento de polinucleótidos, que comprende: la obtención de una biblioteca de polinucleótidos homólogos a partir de un gen tipo salvaje por sucesivos pasos controlados de mutagénesis la desnaturalización e hibridación de dicho polinucleótido para la formación de los polinucleótidos heterodúplex la división de dichos polinucleótidos heterodúplex usando cualquiera de las proteínas del sistema de reparación de polinucleótidos que pueden dividir los pares de bases con error de replicación in vitro comprendiendo DAM metilasa, MutS, MutL, MutH, exonucleasa, ADN helicasa II, proteína SSB, ADN polimerasa III, ADN ligasa, o una combinación de éstas; o con un complejo de reparación por división de bases consistentes en ADN glicosilasa, endonucleasa AP, ADN polimerasa I, ADN ligasa, o una combinación de éstas; o con un complejo de reparación por división de nucleótidos consistente en Uvr-A, Uvr-B, Uvr-C, ADN polimerasa I, ADN ligasa, o una combinación de éstas la desnaturalización de dichos polinucleótidos heterodúplex divididos para la obtención de fragmentos.
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