填补昆虫基因组物理图谱中裂缝的方法

摘要

本发明涉及一种昆虫的基因组DNA，特别涉及一种用电子克隆技术填补昆虫基因组物理图谱中未知序列的方法。它以昆虫(如蜜蜂、家蚕)基因组序列中裂缝(Gap)侧翼的一段已知序列为信息探针，昆虫EST数据库中的资源为介质，用电子克隆技术对裂缝中的未知序列进行搜索和拼接，并用PCR方法对裂缝中的未知序列进行验证，达到填补昆虫基因组DNA裂缝的目的，为进一步完善昆虫基因组数据库、有效解读基因密码提供科学依据。

主权项

1、一种填补昆虫基因组物理图谱中裂缝的方法，其特征是：(1)将昆虫基因组中未知序列的上游或下游200～500bp的碱基序列作为信息探针，到NCBI网站的昆虫EST数据库中进行相似性检索；(2)检索得到的相似性高于95％的EST序列，回到该昆虫EST数据库中进行再检索，将检索得到的片段用DNASTAR软件进行拼接，形成的片段回到EST数据库中继续检索；(3)重复步骤(2)，直至检出所有的重叠EST或重叠群不能继续延续为止；(4)用DNASTAR软件将检索得到的所有EST序列拼接成一条完整的重叠群片段；(5)将上述拼接得到的完整的重叠群片段与裂缝中未知序列进行相似性比对，检验所获序列片段的填补效果；(6)根据所获重叠群片段的序列，设计特异引物；(7)提取该昆虫的基因组DNA，以此为模板进行PCR扩增，通过PCR产物的测序分析，进一步验证裂缝中碱基序列的准确性，完成裂缝未知序列的填补。