基于DNA切割过程的双链DNA序列测定的方法

摘要

一种基于DNA自动机过程的双链DNA序列测定的方法。本发明中双链DNA序列作为输入分子，由限制性内切酶对DNA进行切割，露出粘性末端，与状态转移分子通过碱基配对相结合并发生连接。由于状态转移分子仍然含有限制性内切酶的识别位点，连接后的DNA分子继续新一轮的切割和连接循环并使作为输入分子的DNA序列逐渐变短，作为输入分子的DNA序列逐渐变短，输入分子的长度变化反映了DNA序列的信息，该长度变化是可阅读的，通过设计状态转移分子的结构可以实现输入分子的长度递减的速度为每次1个碱基。本发明有效地避免单链DNA分子高级结构引起的测序困难，克服现有技术中单链模板二级结构影响测序的不足，并在此基础上降低成本，具有很大的应用前景。

主权项

1. 一种基于DNA切割过程的双链DNA序列测定的方法，其特征在于，双链DNA序列作为输入分子，由II型限制性内切酶对DNA进行切割，露出粘性末端，然后与状态转换分子通过碱基配对相结合，在连接酶作用下发生连接；通过II型限制性内切酶切割出来的DNA分子末端为粘性末端，长度为2-5个碱基，粘性末端是5’序列或者是3’序列，同时使用两个或两个以上的限制性内切酶进行切割，由于状态转换分子仍然含有限制性内切酶的识别位点，连接后的DNA分子继续新一轮的切割和连接循环并使作为输入分子的DNA序列逐渐变短，输入分子的长度变化反映了DNA序列的信息，通过设计状态转换分子的结构实现输入分子的长度递减的方式为每次1个碱基，从而实现DNA序列在双链状态下的独特测定方案。