人乳头瘤病毒基因分型检测诊断芯片和制作方法及检测方法

摘要

本发明是人乳头瘤病毒基因分型检测诊断芯片和制作方法及检测方法。在芯片基质上设置16种探针，探针在芯片上微阵列排列，包括通用探针1个，HPV型特异探针有15个，用于区分HPV基因型6、11、16、18、31、33、35、39、42、43、44、45、52、56、58等共计15种基因型，在特异探针末端加一段特定的聚核苷酸尾巴，将点好的芯片放在紫外交联仪内进行照射5分钟，使探针完全固定在芯片上，构成检测诊断芯片。PCR引物采用2对24条链的套式引物组合，。本发明具有诊断准确、快速、诊断方法简单、特异性强、信息量高和易于推广使用的特点，临床应用具有极大的经济效益和社会效益。

主权项

1.一种人乳头瘤病毒基因分型检测诊断芯片，其特征是芯片基质上设置探针，包括识别所有HPV基因型的通用探针1个，HPV基因型特异探针15个，用于区分HPV6、HPV11、HPV16、HPV18、HPV31、HPV33、HPV35、HPV39、HPV42、HPV43、HPV44、HPV45、HPV52、HPV56、HPV58共计15种基因型，探针在芯片上微阵列排列，至少5个以上坐标点控制芯片的矩形点样区域，以坐标点控制芯片的矩形点样区域和点样方向，微阵列中一个角设置2个坐标点，为点样起始点，指示探针排列方向，微阵列的其他3个角上为1个坐标点，微阵列的纵列至少3列以上，微阵列的横行至少3行以上；每个HPV探针点样1个以上，通用探针是所有HPV的共有序列，HPV6、HPV11、HPV16、HPV18、HPV31、HPV33、HPV35、HPV42、HPV43、HPV44、HPV45、HPV52、HPV56、HPV58代表15种基因型，排列方式由通用探针到各型探针由小数到大数依次排列，再加上阴性和阳性质控点，点阵数至少18点以上；PCR引物采用2对24条链的套式引物组合，其核苷酸序列如下表所示， 基因型 序列组成 上游外引物 6/11 5’GC(C/T)CAGGGACATAACAATGG 3′ 18/58 5’GCACA(G/A)GGTCATAACAATGG 3′ 39/45 5’GCCCAGGGCCA(T/C)AACAATGG 3′ 33/35/56 5’GCACAAGG(T/C)CATAATAATGG 3′ 31/42 5’GCTCA(G/A)GGACACAATAATGG 3′ 44/52/16 5’GC(G/A)CAGGGCCACAATAATGG 3′ 上游内引物 6/11/18/31/33 5’TTTGTTACTGTGGTAGATAC 3′ 44/56 5’TTTGTTACTGT(T/A)GTAGATAC 3′ 35/58/42 5’TTTGTTAC(T/C)GT(A/G)GTTGATAC 3′ 52 5’TTTGTCACAGTTGTGGATAC 3′ 39/45 5’TTTGTTACTGT(A/T)GTGGACAC 3′ 16 5’TTTGTTACTGTTGTTGATAC 3′ 下游外引物 6/33/58 5’CGTCCCAAAGGA(T/A)ACTGATC 3′ 35 5’CGGCCCAACGGAAACTGATC 3′ 31/56 5’CGACCCAGTGGAAA(C/T)TGATC 3′ 39/42 5’CGTCC(T/C)AAAGG(A/G)AATTGATC 3′ 11/18/44/45 5’CGTCCAAGGGGA(A/T)A(C/T)TGATC 3′ 16/52 5’CGTCCTAAAGGAAACTGATC 3′ 下游内引物 6/52/31/39 5’TGAAA(A/T)ATAAATTGTAAATCA 3′ 33/58 5’TGAAAAACAAACTGTA(G/A)(A/G)TCA 3′ 44 5’TGAAACATAAATTGTAAGTCA 3′ 56 5’TGAAAAACAAATTGTAATTCA 3′ 42 5’TGAAATATAAATTGCACATCA 3′ 18/45/35/11/16 5’TGAAAAATAAACTG(C/T)AAATCA 3′HPV基因型的通用探针1个，HPV基因型特异探针15个，包括HPV基因型HPV6、HPV11、HPV16、HPV18、HPV31、HPV33、HPV35、HPV39、HPV42、HPV43、HPV44、HPV45、HPV52、HPV56、HPV58共计15种基因型，各型探针序列如下表所示， 基因型 序列组成 通用探针 5′TATGATTT(A/G)CA(A/G)TTTATG 3′ HPV-6 5’TCCGTAACTACATCTTCCA 3′ HPV-11 5’TCTGTGTCTAAATCTGCTAC 3′ HPV-16 5’CATTATGTGCTGCCATATC 3′ HPV-18 5’TGCTTCTACACAGTCTCCT 3′ HPV-31 5’GCAATTGCAAACAGTGATAC 3′ HPV-33 5’TATGACTTTATGCACACAAGT 3′ HPV-35 5’CTGCTGTGTCTTCTAGTGA 3′ HPV-39 5’ATAGAGTCTTCCATACCTTC 3′ HPV-42 5’TGGTGATACATATACAGCTG 3′ HPV-43 5’TCTACTGACCCTACTGTG 3′ HPV-44 5’TACTAGTGAACAATATAAGCA 3′ HPV-45 5’TACACAAAATCCTGTGCCA 3′ HPV-52 5’GAATACCTTCGTCATGGC 3′ HPV-56 5’CAGAACAGTTAAGTAAATATG 3′ HPV-58 5’ATTATGCACTGAAGTAACTAA 3′在特异探针末端加一段特定的聚核苷酸尾巴，使其能够固化在芯片上，特定的聚核苷酸尾巴是在每个HPV特异探针的3′末端加入20个脱氧胸腺嘧啶核苷酸分子；将点好的芯片放在紫外交联仪内进行照射5分钟，使探针完全固定在芯片上，构成检测诊断芯片，把构成的检测诊断芯片置于2-8℃条件下存放。