发明名称 定量C型肝炎病毒之引子、套组及方法
摘要 本发明系关于一种用于定量C型肝炎病毒之引子,可放大不同基因型C型肝炎病毒cDNA,而于即时聚合连锁反应试验中进行定量,其具有伪阴性低、准确度高之优点,且可检测大范围之病毒浓度。本发明亦提供用以定量C型肝炎病毒之套组及定量C型肝炎病毒之方法。
申请公布号 TWI295321 申请公布日期 2008.04.01
申请号 TW093136949 申请日期 2004.11.30
申请人 国立成功大学 发明人 张定宗;杨孔嘉
分类号 C12N15/11(2006.01);C12Q1/68(2006.01) 主分类号 C12N15/11(2006.01)
代理机构 代理人 陈长文 台北市松山区敦化北路201号7楼
主权项 1.一种用于定量C型肝炎病毒之引子,其可放大C型 肝炎病毒cDNA,该引子系选自由下列引子所组成之 群:具有如序列辨识编号1所示序列之一上游引子 、具有如序列辨识编号4所示序列之一上游引子、 具有如序列辨识编号2所示序列之一下游引子、具 有如序列辨识编号3所示序列之一下游引子、具有 如序列辨识编号5所示序列之一下游引子及具有如 序列辨识编号6所示序列之一下游引子。 2.一种用于定量C型肝炎病毒之引子对,其可放大C 型肝炎病毒cDNA,该引子对系选自由下列引子对所 组成之群:: (a)具有如序列辨识编号1所示序列之一上游引子及 具有如序列辨识编号2或3所示序列之一下游引子; 及 (b)具有如序列辨识编号4所示序列之一上游引子及 具有如序列辨识编号5或6所示序列之一下游引子 。 3.一种用于定量C型肝炎病毒之套组,其包含如请求 项1之引子或请求项2之引子对。 4.根据请求项3之套组,其另包含一目标探针,该目 标探针系可与该引子或引子对所放大之C型肝炎病 毒cDNA片段杂合,且5'及3'端分别具有一第一报导剂 及一第一淬灭剂。 5.根据请求项4之套组,其具有如请求项2之(a)之引 子对,且该目标探针具有如序列辨识编号7或8所示 之序列。 6.根据请求项4之套组,其另包含 一内部控制质体,其具有一插入片段,该插入片段 包含一以与C型肝炎病毒cDNA或与人类基因体序列 皆无相似性片段置换之由如请求项1之引子或请求 项2之引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段;及 一内部控制探针,可与该内部控制质体之插入片段 杂合,其5'及3'端分别具有一第二报导剂及一第二 淬灭剂,且该第二报导剂与该第一报导剂不同。 7.根据请求项6之套组,其中该插入片段具有如序列 辨识编号12或其互补股所示之序列,且该内部控制 探针具有如序列辨识编号13或其互补股所示之序 列。 8.根据请求项3之套组,其另包含一感应探针及一定 锚探针,该感应探针之3'端具有一第一施体萤光,该 定锚探针之5'端具有一第一受体萤光,且该感应探 针与定锚探针可分别与该引子或引子对所放大之C 型肝炎病毒cDNA片段杂合,且当该定锚探针与感应 探针同时杂合至如请求项1之引子或请求项2之引 子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段时,可使第一施 体萤光之能量移转至第一受体萤光。 9.根据请求项8之套组,其具有如请求项2之(b)之引 子对,且该感应探针具有如序列辨识编号9或其互 补股所示之序列,且该定锚探针具有如或序列辨识 编号10或11或其互补股所示之序列。 10.根据请求项8之套组,其另包含 一内部控制质体,其具有一插入片段,该插入片段 包含一以与C型肝炎病毒cDNA或与人类基因体序列 皆无相似性片段置换之由如请求项1之引子或请求 项2之引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段;及 一内部控制定锚探针,其5'端具有一第二受体萤光 并可与内部控制质体之插入片段杂合,且当该内部 定锚探针与感应探针同时杂合至内部控制质体时, 可使第一施体萤光之能量移转至第二受体萤光。 11.根据请求项10之套组,其中该插入片段具有如序 列辨识编号12或其互补股所示之序列,且该内部控 制定锚探针具有如序列辨识编号15或其互补股所 示之序列。 12.根据请求项3之套组,其另包含一标准质体,其中 该标准质体具有一外加片段,该外加片段包含由该 引子或引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段。 13.根据请求项12之套组,其中该外加片段具有如序 列辨识编号14或其互补股所示之序列。 14.一种定量C型肝炎病毒之方法,其系使用如请求 项1之引子或请求项2之引子对进行即时聚合连 锁反应。 15.根据请求项14之方法,其包含下列步骤: (i)以不同浓度之标准质体与一目标探针进行杂合 反应,该标准质体具有一外加片段,该外加片段包 含由如请求项1之引子或请求项2之引子对所放大 之C型肝炎病毒cDNA片段,且该目标探针系可与该引 子或引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段杂合,该 目标探针之5'及3'端分别具有一第一报导剂及一第 一淬灭剂; (ii)量测步骤(i)中以不同浓度之标准质体反应中第 一报导剂之量,以得到一标准质体浓度对第一报导 剂量之标准曲线; (iii)获得衍生自样品之C型肝炎病毒之cDNA; (iv)以该引子或引子对、目标探针、及步骤(iii)中 之cDNA进行即时聚合连锁反应; (v)量测步骤(iv)中第一报导剂之强度,并与步骤(ii) 中所得之标准曲线比较,以定量样品中cDNA之浓度 。 16.根据请求项15之方法,其中步骤(iii)之样品系源 自血液。 17.根据请求项16之方法,其中该样品系源自血清或 血浆。 18.根据请求项15之方法,其具有如请求项2之(a)引子 对,且该目标探针具有如序列辨识编号7或8所示之 序列。 19.根据请求项15之方法,其中该外加片段具有如序 列辨识编号14或其互补股所示之序列。 20.根据请求项15之方法,另包含一内部控制步骤,系 加入一内部控制质体与一内部控制探针,并与C型 肝炎病毒cDNA及目标探针进行步骤(iv)及(v),其中该 内部控制质体其具有一插入片段,该插入片段包含 一以与C型肝炎病毒cDNA或与人类基因体序列皆无 相似性片段置换之由如请求项1之引子或请求项2 之引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段;及该内部 控制探针,可与该内部控制质体之插入片段杂合, 其5'及3'端分别具有一第二报导剂及一第二淬灭剂 ,且该第二报导剂与该第一报导剂不同。 21.根据请求项20之方法,其中该插入片段具有如序 列辨识编号12或其互补股所示之序列,且该内部控 制探针具有如序列辨识编号13或其互补股所示之 序列。 22.根据请求项14之方法,其包含下列步骤: (i)以不同浓度之标准质体与一感应探针及一定锚 探针进行杂合反应;该标准质体具有一外加片段, 该外加片段包含由如请求项1之引子或请求项2之 引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段;该感应探针 之3'端具有一第一施体萤光,该定锚探针之5'端具 有一第一受体萤光,该感应探针与定锚探针可分别 与该引子或引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段 杂合,且当该定锚探针与感应探针同时杂合至该引 子或引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段时,可使 第一施体萤光之能量移转至第一受体萤光; (ii)量测步骤(i)中以不同浓度之标准质体反应中第 一受体萤光之量,以得到一标准质体浓度对第一受 体萤光量之标准曲线; (iii)获得衍生自样品之C型肝炎病毒之cDNA; (iv)以该引子或引子对、感应探针、定锚探针、及 步骤(iii)中之cDNA进行即时聚合连锁反应; (v)量测步骤(iv)中受体萤光之强度,并与步骤(ii)中 所得之标准曲线比较,以定量样品中cDNA之浓度。 23.根据请求项22之方法,其中步骤(iii)之样品系源 自血液。 24.根据请求项23之方法,其中该样品系源自血清或 血浆。 25.根据请求项22之方法,其具有如请求项2之(b)引子 对,该感应探针具有如序列辨识编号9或其互补股 所示之序列,且该定锚探针具有如或序列辨识编号 10或11或其互补股所示之序列。 26.根据请求项22之方法,其中该外加片段具有如序 列辨识编号14或其互补股所示之序列。 27.根据请求项22之方法,另包含一内部控制步骤,系 加入一内部控制质体与一内部控制定锚探针,并与 C型肝炎病毒cDNA及定锚探针进行步骤(iv)及(v);其中 该内部控制质体其具有一插入片段,该插入片段包 含一以与C型肝炎病毒cDNA或与人类基因体序列皆 无相似性片段置换之由如请求项1之引子或请求项 2之引子对所放大之C型肝炎病毒cDNA片段;该内部控 制定锚探针之5'端具有一第二受体萤光并可与内 部控制质体之插入片段杂合,且当该内部定锚探针 与感应探针同时杂合至内部质体时,可使第一施体 萤光之能量移转至第二受体萤光。 28.根据请求项27之方法,其中该插入片段具有如序 列辨识编号12或其互补股所示之序列,且该内部控 制定锚探针具有如序列辨识编号15或其互补股所 示之序列。 29.一种定量C型肝炎病毒之方法,其系使用根据请 求项3至13任何一项之套组进行即时聚合连锁反 应。 图式简单说明: 图1为例示本发明之标准质体构筑示意图。 图2为例示本发明之内部控制质体构筑示意图。 图3为以TaqMan即时聚合连锁反应之标准曲线图 。 图4为以TaqMan即时聚合连锁反应之内部品管侦 测图。 图5为以杂合探针即时聚合连锁反应之标准曲线 图。 图6为以杂合探针即时聚合连锁反应之内部品管 侦测图。 图7为标准血清与即时聚合连锁反应之对应关系 换算方程式图。
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