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Ein Verfahren zur Untersuchung eines Objekts mit einem Mikroskop, insbesondere einem konfokalen Scanmikroskop, weist die folgenden Schritte auf. Zunächst erfolgt ein Auswählen eines ein zu untersuchendes Objekt oder mehrere zu untersuchende Objekte enthaltenen Scanbereichs in einer vorgebbaren Raumrichtung. Dann erfolgt ein Aufnehmen einer Serie von Bildern in dem Scanbereich entlang der Raumrichtung, so dass die einzelnen Bilder einzelnen Ebenen in der Raumrichtung eineindeutig zuordenbar sind. Dann erfolgt ein Auswählen eines Bildanalyseverfahrens mit mindestens einem vorgebbaren Kriterium hinsichtlich des zu untersuchenden Objekts oder der zu untersuchenden Objekte. Schließlich erfolgt ein Anwenden des Bildanalyseverfahrens auf die einzelnen Ebenen zur Ermittlung einer das oder die vorgebbaren Kriterien zumindest weitgehend erfüllenden bevorzugten Ebene. Des Weiteren ist ein Mikroskop zur Durchführung des Verfahrens angegeben.
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