再测序病原菌微阵列

摘要

本发明是关于通过采用DNA再测序微阵列进行病原菌探测和鉴别的方法。本发明也提供了再测序微阵列芯片，用于生物样本中存在的病原菌的区分诊断和血清类型分类。本发明进一步提供了探测生物样本中存在病原菌和鉴别病原菌的方法。本发明也提供了计算机实施生物序列辨识器(CIBSI)系统和依据至少一种筛选参数从生物序列数据中筛选子序列的方法。至少一种筛选参数对应从类似的筛选中获得有意义结果的一种可能性。

主权项

1.再测序DNA微阵列，包括多组固定在固相支撑体上长度范围在13到70个核苷酸的寡核苷酸引物，其中每组寡核苷酸引物为：(a)被选择跨特定参考序列的特殊区域，(b)占用被称为拼接区阵列的不连续区，和(c)包括至少四组引物，在芯片上以平行方式安排在上述阵列的不连续区内，其中所述四组引物选自：1)第一组引物与参考序列正确互补；和2)另外三组引物，除了中心位置上的核苷酸，每一组与第一组引物一致，且这三组引物中心位置的核苷酸都不相同，使得所有四个常规核苷酸碱基出现在上述阵列中。