随机扩增多样性核酸标记

摘要

保存已监定过的生物品种为有效的管理种源库遗传资源的重要起步之一，传统上种鱼的监定依赖外观、解剖、及生态等生物形质作为分类的依据。自从1975年引进非洲塘虱鱼Clarias mossambicus与台湾本土种塘虱鱼C.fuscus杂交以来，经改良的杂交种塘虱鱼已成为养殖主流，1980年以后由于价格下跌，渔民弃养放任杂交种流入自然溪流栖息地，因此野外捕获的疑似台湾本土种塘虱鱼，很难立即由外观型态形质监别。本随机扩增多样性核酸标记(RAPD markers)可应用于分析研究台湾本土原生种塘虱鱼的遗传变异，以确保养殖或保存之台湾本土原生种塘虱鱼品系纯正。以200个寡核酸引子进行聚核连锁反应分析，筛选所得16个随机引子，产生可重复的去氧核醣核酸片段图谱，依据核酸片段代表基因座共享的方法分析捕获野生台湾本土原生种塘虱鱼的遗传变异。分析显示单个引子产生的RAPD标记数平均在7.18-9.62个表现核酸片段染色带之间，而其扩增核酸片段分子大小介于300-2000 bp间。所产生的RAPD基因座，可以 DIG标定做为探针，来杂交塘虱鱼的核酸，以区别台湾本土种塘虱鱼及经改良的杂交种塘虱鱼。

主权项

1.一种含有16组随机扩增多样性核酸引子于中国台湾 本土原生种塘虱鱼遗传变异区别杂交种分析之应 用,该应用为使用NAPS#105、NAPS#106、NAPS#115、NAPS#149 、NAPS#157、NAPS#158、NAPS#173、NAPS#174、NAPS#190、NAPS# 196、NAPS#198、NAPS#210、NAPS#211、NAPS#218、NAPS#245、 NAPS#287引子,在聚合连锁反应下,产生核酸基因 座图谱,及其所产生的核酸基因座可用之为探针 来杂交塘虱鱼的核酸。 2.如申请专利范围第1项之应用,该应用为NAPS#105、 NAPS#106、NAPS#115、NAPS#149、NAPS#157、NAPS#158、NAPS#173 、NAPS#174、NAPS#190、NAPS#196、NAPS#198、NAPS#210、NAPS# 211、NAPS#218、NAPS#245、NAPS#287引子的使用数目,为一 个(含)以上,或16个(含)以下的任意组合。 3.如申请专利范围第1项之应用,该应用所产生的核 酸基因座图谱,及其所产生的核酸基因座可用 之为探针的聚合连锁反应的炼合(anneal)温度介 于50℃到58℃。 4.如申请专利范围第1项之应用,该应用所产生的核 酸基因座图谱,及其所产生的核酸基因座可用 之为探针的聚合连锁反应的镁离子浓度为1.0到1 .5 mM。 图式简单说明: 第1图系应用本发明16组RAPD引子,对野外捕获中国台湾 本土原生种,及竹北、鹿港保存的中国台湾本土原生种 标本,做PCR的图谱。图上方为16组随机扩增多样性 核酸标记,由左至右依序即为序列表<400>项下1至 16的RAPD引子。针对塘虱鱼的血液中红血球所萃取 的核酸做聚合连锁反应,PCR产物以1%洋菜电泳 胶于0.5 X TBE缓冲液中分离,电泳胶以ethidium bromide 染色,于紫外灯照射下呈现不同大小核酸片段, 每一片段即代表随机分布在染色体上特定的基因 座核酸序列。 第2图系将所产生的RAPD基因座,予以DIG标定,(f)以塘 虱鱼共通具有的RAPD基因座杂合塘虱鱼的核酸, 及(g)以非洲引进塘虱鱼的专一性RAPD基因座杂合塘 虱鱼的核酸。