发明名称 测定基因表示程度之方法及装置
摘要 本发明提供用于分析基因表现程度之技术。在本发明之一方面中,该技术提供一种测定靶核酸浓度含量之方法,该靶核酸包含至少一种靶寡核酸。该方法可测定:(i)该靶寡核酸与一探针寡核酸之亲和度值;及(ii)该靶寡核酸与该探针寡核酸在探针点上之杂交强度值。测量亲和度值及杂交强度值可用以测定靶核酸之浓度含量。
申请公布号 TWI282859 申请公布日期 2007.06.21
申请号 TW092130392 申请日期 2003.10.31
申请人 万国商业机器公司 发明人 杰佛瑞 格林史坦;格兰A. 海德;于海 杜
分类号 G01N31/00(2006.01);G06F19/00(2006.01) 主分类号 G01N31/00(2006.01)
代理机构 代理人 陈长文 台北市松山区敦化北路201号7楼
主权项 1.一种测定一靶核酸浓度含量之方法,该靶核酸包 含至少一种靶寡核酸,该方法包含的步骤: 测定该靶寡核酸与探针寡核酸之亲和度値; 测定该靶寡核酸与该探针寡核酸在探针点上 之杂交强度値;及 使用该亲和度値及该杂交强度値求得靶核酸之浓 度含量。 2.如申请专利范围第1项之方法,其中该亲和度値包 含该靶寡核酸与该探针寡核酸之杂交自由能 。 3.如申请专利范围第1项之方法,其中该亲和度値包 含该靶寡核酸与该探针寡核酸之净杂交率。 4.如申请专利范围第1项之方法,其中该方法可执行 多个探针点。 5.如申请专利范围第4项之方法,其中该多个探针点 键结至一微阵列上。 6.如申请专利范围第1项之方法,其中系利用萤光测 定该杂交强度値。 7.如申请专利范围第1项之方法,其包含多个亲和度 値、杂交强度値及靶核酸浓度含量。 8.如申请专利范围第7项之方法,其进一步包含比较 多个杂交强度値,以求得总体杂交强度値之步骤。 9.如申请专利范围第1项之方法,其包含多个探针寡 核酸。 10.如申请专利范围第1项之方法,其中测定该靶寡 核酸与探针寡核酸之亲和度値之步骤进一步 包括在已知靶核酸浓度下求出杂交强度观察値与 探针寡核酸序列关联性之步骤。 11.如申请专利范围第1项之方法,其中系以杂交作 用之物理原理计算该亲和度値。 12.如申请专利范围第9项之方法,其进一步包含下 述步骤: 求得该探针寡核酸在该探针点上之杂交强度观 察値; 使用该杂交强度观察値求出该靶核酸之浓度含量; 进行获得及使用多个探针寡核酸之步骤,以获得 多个靶核酸之浓度含量;及 比较该靶核酸之多个浓度含量,以求出该靶核酸之 总体浓度含量。 13.如申请专利范围第12项之方法,其中使用步骤进 一步包含去除具有统计学上无关的杂交强度値之 探针点之步骤。 14.一种预测一靶核酸浓度含量之方法,该靶核酸包 含至少一种靶寡核酸,该方法包含下述步骤: 测定该靶寡核酸与探针寡核酸在探针点上之 亲和度値; 求取杂交强度观察値; 求出杂交强度预期値;及 比较多个探针点之亲和度値、杂交强度观察値及 杂交强度预期値,以求出唯一的预测靶核酸浓度。 15.如申请专利范围第14项之方法,其中该求取步骤 进一步可包含自多个探针点中去除具有统计学上 无关的杂交强度观察値之探针点之步骤。 16.一种测定一靶核酸浓度含量之装置,该靶核酸含 有至少一种靶寡核酸,该装置包含: 一记忆体;及 至少一个偶联至该记忆体之处理器,其可用于: 测定靶寡核酸与一探针寡核酸之亲和度値; 测定该靶寡核酸与该探针寡核酸在探针点上 之杂交强度値;及 使用该亲和力量値及该杂交强度测値求出靶核酸 之浓度含量。 17.一种用于测定一靶核酸浓度含量之生产品物件, 该靶核酸包含至少一种靶寡核酸,该物件包含含 有一或多个程式之机器可读媒体,当执行该程式时 可完成下述步骤: 测定该靶寡核酸与探针寡核酸之亲和度値; 测定该靶寡核酸与该探针寡核酸在探针点上 之杂交强度値;及 使用该亲和度値及该杂交强度値求得该靶核酸之 浓度含量。 图式简单说明: 图1系根据本发明之一具体实施例之流程图,其阐 释一种用于测定基因表现程度之例示性方法; 图2系根据本发明之一具体实施例之示意图,其阐 释在微阵列上之杂交作用; 图3系根据本发明之一具体实施例之用于确定基因 表现量的方法之例示性硬体实施方块图; 图4系根据本发明之一具体实施例之曲线图,其示 出在多种靶寡核酸浓度下杂交强度对杂交自由 能之相关性; 图5系根据本发明之一具体实施例之曲线图,其示 出在若干杂交自由能级下杂交强度随靶寡核酸 浓度之变化; 图6系根据本发明之一具体实施例之曲线图,其示 出变量ne随杂交自由能之变化; 图7系根据本发明之一具体实施例之曲线图,其示 出变量bg随杂交自由能之变化; 图8系根据本发明之一具体实施例之曲线图,其示 出以杂交强度及杂交自由能所测定之靶寡核酸 浓度;及 图9系根据本发明之一具体实施例之曲线图,其示 出根据本发明所揭示者及以Affymetrix法所测定之 靶寡核酸浓度与已知靶寡核酸浓度之比较。
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