研究HIV的遗传和功能变异性的方法以及用于该方法的试剂盒

摘要

本发明涉及用于分析可能含有HIV病毒的样品的方法，包括(a)提取病毒RNA；(b)逆转录(a)中获得的RNA并用第一对引物扩增以获得扩增的逆转录产物，该产物包括HIV病毒基因组的至少两个连续基因的全部或部分；(c)对扩增的逆转录产物进行测序；(d)用第二对引物扩增(b)中获得的扩增的逆转录产物；(e)将(d)中获得的扩增产物与载体同源重组；(f)对由至少两个基因的全部或者部分编码的病毒蛋白进行功能分析；和(g)测量(e)中获得的重组病毒的复制能力。

主权项

1、分析可能含有HIV病毒的样品的方法，包括以下步骤：a)提取可能含有HIV病毒的生物学样品中的病毒RNA；b)逆转录在步骤(a)中获得的RNA，并用第一对引物扩增以获得扩增的逆转录产物，该产物包含HIV病毒基因组的至少两种连续基因的全部或者部分；和-步骤(c)和/或-顺序进行以下步骤(d)、(e)、(f)和(g)：c)对步骤(b)中获得的扩增的逆转录产物进行测序，以建立存在于所述样品中的HIV病毒的基因型，并鉴定存在于扩增的逆转录产物中的突变；d)用第二对引物扩增步骤(b)中获得的逆转录产物，所述引物与步骤(b)中的第一对引物互补并且能够产生扩增产物，所述扩增产物可通过同源重组插入到在对应于步骤(b)中制备的扩增的逆转录产物的区域中具有缺陷的逆转录病毒载体中；e)将步骤(d)中制备的扩增产物与所述缺陷载体同源重组；f)对由在步骤(d)中重组入载体中的所述逆转录产物的至少两个连续基因的全部或部分所编码的病毒蛋白进行功能分析；g)在存在或者不存在至少一种活性物质时，测量步骤(e)中获得的重组病毒的复制能力。