用于DNA计算芯片的寡核苷酸序列

摘要

本发明公开一组用于DNA芯片计算的寡核苷酸序列。该组序列中每条序列的长度为12碱基，满足以下约束条件，生成22条母序列：每条序列G+C含量均为50％；任一序列A与任一其他序列B之间比对得分不超过4，其中：A、B不同；任一序列A与任一序列B的完全互补序列之间的比对得分不超过4，其中：A、B不同，或者A、B相同；应用于光导原位合成法制作芯片，或者应用于点样法制作芯片。这些序列杂交稳定性好，无错配，杂交信号强，可用于计算多种NP问题，具有通用性。

主权项

1、一种用于DNA计算芯片的寡核苷酸序列，其特征在于，该组序列中每条序列的长度为12碱基，在SEQ ID NO.1中编号为奇数的22条序列满足以下约束条件：①每条序列G+C含量均为50％；②任一序列A与任一其他序列B之间比对得分不超过4，其中：A、B不同；③任一序列A与任一序列B的完全互补序列之间的比对得分不超过4，其中：A、B不同，或者A、B相同；其中，比对得分的计算原则为：基于Smith-Waterman算法，进行DNA序列不带空位的局部比对，用比对得分来代表两条序列之间的相似程度：配对得1分，错配得-2分；在SEQ ID NO.1中编号为偶数的22条序列分别为以上编号为奇数序列的完全互补序列，每对完全互补序列分别对应于NP问题中一个变量的0和1两种状态，用于构建DNA计算芯片。