发明名称 推衍个体之基因体之方法及装置
摘要 提供一种以电脑为基础来推衍个体基因组的方法。此法包含对个体存取选择器及对群基因组存取参考模板两步骤,选择器包含一个所在位置值和一个硷基值;并处理选择器及参考模板来推衍个体基因组序列代表。参考模板较佳由表示一硷基值出现机率的资料元件所构成。此出现机率是基于在此群基因组中在对应的位置值的硷基值发生率。本发明之方法更进一步包含从在参考模板中的资料元件计算一硷基值,非在选择器的硷基值。
申请公布号 TWI229807 申请公布日期 2005.03.21
申请号 TW092120509 申请日期 2003.07.28
申请人 万国商业机器公司 发明人 罗伯森 贝瑞;穆许林 理查
分类号 G06F19/00 主分类号 G06F19/00
代理机构 代理人 蔡玉玲 台北市大安区敦化南路2段218号5楼A区
主权项 1.一个推衍个体基因组的方法,包含之步骤为:对一个体存取一选择器及对一群基因组存取一参考模板,该选择器包含一位置値和一硷基値;及处理该选择器和该参考模板来推衍该个体基因组之一序列代表。2.如申请专利范围第1项的方法,其中该位置値表示在一核酸序列的一个位置。3.如申请专利范围第1项的方法,其中该硷基値表示一核酸硷基。4.如申请专利范围第1项的方法,其中该选择器包含复数个位置値及复数个硷基値。5.如申请专利范围第1项的方法,其中该参考模板包含表示一硷基値的资料元件群。6.如申请专利范围第5项的方法,其中该资料元件表示对该硷基値的一出现机率。7.如申请专利范围第6项的方法,其中该出现机率是基于在此群基因组中在对应的位置値群的硷基値发生率。8.如申请专利范围第7项的方法,更进一步包含:从在该参考模板的该资料元件计算一硷基値,不是在该选择器的硷基値群。9.如申请专利范围第8项的方法,更进一步包含此步骤:找出一最大资料元件。10.如申请专利范围第8项的方法,其中计算出来的该硷基値包含复数个硷基値。11.如申请专利范围第9项的方法,其中该最大资料元件表示一最大出现机率。12.如申请专利范围第9项的方法,其中找出该最大元件包含混合表的使用。13.一个推衍个体基因组的系统,包含:一个储存电脑可读码的记忆体;及一个结合到该记忆体的处理器,安装此处理器来实作该电脑可读码,安装该电脑可读码来:对一群基因组存取一参考模板及对一个体存取一选择器,该选择器包含一位置値和一硷基値;及处理该参考模板及该选择器来推衍该个体该基因组之一序列代表。14.如申请专利范围第13项的系统,其中该参考模板包含表示一硷基値出现一机率的资料元件群。15.如申请专利范围第14项的系统,其中该出现机率是基于在此群基因组中在对应的位置値群的硷基値发生率群。16.如申请专利范围第14项的系统,其中该电脑可读码进一步安装来:从在该参考模板的该资料元件计算一硷基値,不是在该选择器的硷基値群。17.一种含有电脑可读纪录媒体制品,包含推衍个体基因组的电脑可读码,该电脑可读码包含:一指令码来对一群基因组存取一参考模板及对一个体存取一选择器,该选择器包含一位置値和一硷基値;及一指令码来处理该参考模板及该选择器来推衍该个体该基因组之一序列代表。18.如申请专利范围第17项的纪录媒体制品,其中该参考模板包含表示一硷基値出现一发生机率的资料元件群。19.如申请专利范围第18项的纪录媒体制品,其中该出现机率是基于在此群基因组中在对应的位置値群的一硷基値发生率。20.如申请专利范围第18项的纪录媒体制品,其中该电脑可读码进一步包含:一指令码来计算从该参考模板中之该资料元件而来的一硷基値,不是在该选择器的硷基値群。图式简单说明:图1为一个基因组讯息系统(GMS)范例;图2为GMS硬体实作范例方块图范例;图3为整个推衍个体基因组方法的流程图;图4为选择器处理程序流程图;图5为参考模板处理程序流程图;图6为由参考模板来计算硷基値的流程图。
地址 美国