利用条形码式基因芯片检测待检核酸的方法

摘要

一种利用条形码式基因芯片检测待检核酸的方法，采用将特定碱基序列的寡核苷酸片段以微阵列形式固定于基片表面，制备条形码式基因芯片。待检单核苷酸位点特异性的正向引物上游序列与条形码互补配对，中间是限制酶切位点，下游序列与目标序列配对，5’-末端是生物素或荧光基团标记，距离3’-末端上游1-4个核苷酸处引入一个不能与目标序列配对的核苷酸，经聚合酶链式反应、纯化、酶切，与条形码基因芯片杂交洗脱。本发明条形码碱基序列组成不依赖于待测目标核酸，检测片段长度在30个核苷酸以内，极大地降低了交叉杂交和错误杂交，通过改变引物中与待检单核苷酸位点处的目标序列配对的下游序列，使条形码基因芯片适合于各种样品的检测。

主权项

1、一种利用条形码式基因芯片检测待检核酸的方法，其特征在于包括以下步骤：1)设计合成条形码寡核苷酸碱基序列，并用常规的化学或物理方法将条形码寡核苷酸片段固定于基片表面，制备基因芯片，将与之互补配对的检测片段长度限定在30个核苷酸以内，调整导致交叉杂交和错误杂交的条形码序列，使基因芯片上的所有条形码寡核苷酸片段的杂交-洗脱条件兼容，确定最适杂交洗脱条件；2)化学合成待检单核苷酸位点特异性的寡核苷酸引物片段，正向引物的上游序列与条形码基因芯片上的寡核苷酸片段互补配对，中间是限制酶切位点，下游序列与待检单核苷酸位点处的目标序列配对，5’-末端是生物素或荧光基团标记，距离3’-末端上游1-4个核苷酸处引入一个不能与目标序列配对的核苷酸，反向引物是随机引物或特异引物；3)将正向引物与反向引物、待测目标核酸、DNA聚合酶、4种脱氧三磷酸单核苷酸加入聚合酶链式反应缓冲液，进行反应；4)将反应产物纯化，除去未反应的引物片段后，再利用DNA限制性内切酶进行酶切；5)将条形码基因芯片在最适杂交条件下与酶切DNA片段进行杂交并洗脱。