一种PCR－DGGE研究环境微生物群落的引物设计方案

摘要

本发明涉及一种使用聚合酶链反应－变性梯度凝胶电泳(PCR－DGGE)研究环境样品中微生物群落结构的引物设计方法，包括以下步骤：(1)选择用于实验的环境样品——农田土壤；(2)提取土壤中的所有微生物的基因组DNA；(3)将基因组DNA纯化后作为PCR扩增的模板；(4)选择一般用于原核生物16S rRNA基因扩增的通用引物对；(5)在引物对的正向引物的5′端加上GC发卡结构；(6)进行PCR扩增；(7)将PCR扩增产物在DGGE中电泳分离；(8)观察PCR产物是否被完全分开。这一发明对有些相关研究，特别是利用PCR－DGGE方法对环境样品(如土壤等)中的微生物多样性进行分析的研究提供了一种PCR引物的设计方案，为这类研究提供了一种保证实验正确性的方法。

主权项

1一种使用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)研究环境样品中微生物群落结构的PCR引物设计方法，包括以下步骤：a)选择用于实验的环境样品-农田土壤；b)将用于步骤a)中的农田土壤经细胞裂解液裂解后，获得土壤中的所有微生物的基因组DNA；c)将步骤b)获得的基因组DNA纯化后作为PCR扩增的模板；d)选择一般用于原核生物16S rRNA基因扩增的通用引物对；e)在步骤d)选择的通用引物对的正向引物的一端加上GC发卡结构；f)按照设计的PCR反应条件进行PCR扩增；g)将步骤f)所述的PCR扩增产物作为样品，选择合适的电泳条件，在一定胶浓度和特定变性剂范围的变性胶中电泳；h)将步骤g)后的变性胶经染色液染色一段时间后，观察每个泳道的电泳条带是否完全分开；