| 摘要 |
<p>L'invention concerne un nouveau procédé rapide et sensible de recherche sur base de données et d'alignement de séquences biologiques, conçu spécifiquement pour exploiter les avantages de la technologie SIMD. On obtient une sensibilité élevée en combinant deux facteurs principaux : premièrement, calcul du résultat d'alignement exact optimal sans brèche de chaque diagonale de l'alignement ; deuxièmement, utilisation d'une nouvelle heuristique pour estimer un résultat d'alignement avec brèche en tenant compte du rapport des similarités de séquences sur plusieurs diagonales de la matrice d'alignement. Cette estimation sert à identifier une fraction de 1 % des séquences les plus intéressantes de la base de données, qui sont ultérieurement alignées sur la séquence recherchée par le procédé de Smith-Waterman. Les calculs SIMD très efficaces des résultats d'alignement sans brèche de toutes les diagonales permettent d'obtenir un procédé très rapide. L'heuristique permettant de calculer le résultat estimé d'alignement avec brèche est également rapide.</p> |
