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Die vorliegende Erfindung betrifft ein Verfahren zur Identifizierung von zellspezifischen Zielstrukturen, bei dem automatisiert eine Reagenzlösung Y1 mit mindestens einem Markiermolekül auf ein Objekt X1 aufgebracht wird. Es folgt eine automatisierte Detektion mindestens eines Markierungsmusters. Außerdem können weitere Reagenzlösungen Yn (n = 2, 3...N) auf das Objekt aufgebracht werden und entsprechende Markierungsmuster detektiert werden, die mit dem bereits erfaßten Markierungsmuster zu einem komplexen molekularen Kombinationsmuster des Objekts X1 zusammengefaßt werden. Dieselben Schritte werden mit mindestens einem anderen Objekt Xn (n = 2, 3...N) durchgeführt, und anschließend wird mindestens ein Unterschied zwischen dem Kombinationsmuster des Objektes X1 und dem Kombinationsmuster des Objektes Xn festgestellt. Mit der Kenntnis dieses Unterschieds können in weiteren Verfahrensschritten Moleküle oder Molekülkomplexe selektiert werden, die für diesen Unterschied verantwortlich sind. Es folgt ein biochemisches Charakterisieren der selektierten Moleküle oder Molekülkomplexe.
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