L'invention concerne l'emploi de molécules rapporteuses fonctionnelles dans la détection et la mesure de séquences d'ARN dans un échantillon, afin de déterminer par exemple, l'existence ou le potentiel de maladies pathogènes. L'inventioin est basée sur l'utilisation de séquences de nucléotides, dont une comporte une séquence sonde reliée à une séquence capable d'amorcer une replication à l'aide d'une polymérase d'ARN dépendant de l'ARN. L'autre est capable d'hybridation sur une séquence cible spécifique. Le produit d'extension de la seconde séquence de nucléotides hybridés sert de source de gabarit pour la réplication autocatalytique à l'aide de la polyménase d'ARN dépendant de l'ARN. On détecte les produits de réplication comme moyen de détection de séquences d'acides nucléiques.