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EL METODO PARA DISCRIMINAR ENTRE DOS SECUENCIAS NUCLEOTIDICAS COMPLEMENTARIAS QUE DIFIEREN SOLO EN 1 A 3 NUCLEOTIDOS CONSISTE EN: A) PRODUCIR LAS MONOCADENAS DE LAS SECUENCIAS NUCLEOTIDICAS; B) PONER ESTAS EN CONTACTO CON UN OLIGONUCLEOTIDO COMPLEMENTARIO DE AQUELLA A IDENTIFICAR, DE 8 A 30 UNIDADES, QUE TIENE UNIDO EN UN SITIO ESTERICAMENTE TOLERANTE UN RESTO DE 20.000 DALTON, QUE COMPRENDE FOSFATASA ALCALINA O ACIDA, BETA-GALACTOXIDADA, LUCIFERASA O PERROXIDASA DE RABANO SILVESTRE, QUE ES UN MARCADOR ENZIMATICO, QUE PRODUCE UN CAMBIO DE COLOR; EN CONDICIONES QUE FAVOREZCAN LA HIBRIDACION; C) SEPARAR EL HIBRIDO SONDA; ACIDO NUCLEICO O ENSAYAR DE LA SONDA NO HIBRIDADA; Y D) OBSERVAR LA SEÑAL RESULTANTE.
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