用于下一代测序的序列重组方法及装置

摘要

本发明涉及一种用于下一代测序(NGS)的序列重组方法及装置。在本发明的一优选实施例中是将序列长度为n的短序列六等分之后只将前3个片段利用为种子，并检索以参考序列为基础生成的哈希表而检索映射候选位置。

主权项

一种用于下一代测序的序列重组方法，其特征在于，包括如下步骤：将长度为n的短序列分成具有相同的序列长度的六个片段；生成包括针对参考序列中的每个子序列的哈希值的哈希表，其中，每个子序列具有n/6的大小；根据短序列中的位置，将六个片段中位于前部的三个片段确定为第一至第三个种子；计算第一至第三个种子的哈希值；通过从所述哈希表中检索与第一至第三个种子的哈希值中的至少一个一致的哈希值来确定映射候选位置。