使用由互补于靶mRNA的核苷酸序列组成的siRNA抑制靶mRNA表达的方法

摘要

一种抑制靶mRNA表达的方法，包括：(a)获得包含与随机靶mRNA互补的核苷酸的dsRNA序列所有组合的双链组合段的结合能；(b)在每种组合的dsRNA序列上，将该结合能划分为四个段，获得各段之间的平均结合能差异，并将其转化为相对结合能模式的分值；(c)通过将转化的分值与可影响siRNA效率的其他因子应用到dsRNA序列，筛选那些预计对靶RNA具有高抑制效率的siRNA；以及(d)利用筛选的siRNA抑制靶mRNA的表达。结果研究人员或实验人员无需进行实际的实验，能够通过未知siRNA碱基序列对相对结合能模式进行分析，从而快速确定siRNA是有效还是无效，因此可以使siRNA的设计和制备效率最大化，并且通过对靶mRNA有效的siRNA有效抑制靶mRNA的表达。

主权项

1.一种使用siRNA抑制靶mRNA表达的方法，包括步骤：(1)获得ds(双链)RNA序列的所有组合，其中每个RNA序列都由n个与预定靶mRNA互补的核苷酸(n为整数)组成；(2)获得每个dsRNA的EA、EB、EC和ED，其分别为所述dsRNA碱基序列中的第1-2位结合能位置构成的段(A)、第3-7位结合能位置构成的段(B)、第8-15位结合能位置构成的段(C)和第16-18位结合能位置构成的段(D)的平均结合能数值；(3)根据下列方程，将Y(A-B)、Y(B-C)、Y(C-D)和Y(A-D)分配到(A)至(D)的各段，i)如果-0.02＜EA-EB＜0.38、-0.29＜EB-EC＜-0.01、0.00＜EC-ED＜0.35、0.07＜ED-EA＜0.37，那么每个Y(A-B)、Y(B-C)、Y(C-D)和Y(A-D)为10分，ii)如果-0.63＜EA-EB＜-0.21、0.05＜EB-EC＜0.44、-0.47＜EC-ED＜-0.09、-0.67＜ED-EA＜-0.23，那么每个Y(A-B)、Y(B-C)、Y(C-D)和Y(A-D)为0分，iii)如果EA-EB、EB-EC、EC-ED和ED-EA不属于(i)和(ii)限定的范围内，那么每个Y(A-B)、Y(B-C)、Y(C-D)和Y(A-D)为5分；(4)根据下述方程4，分配每个dsRNA的相对结合能值Y：[方程4]Y=W(A-B)Y(A-B)+W(B-C)Y(B-C)+W(C-D)Y(C-D)+W(A-D)Y(A-D)10(W(A-B)+W(B-C)+W(C-D)+W(A-D))×100 其中W(A-B)、W(B-C)、W(C-D)和W(A-D)分别是(A-B)段、(B-C)段、(C-D)段和(A-D)段的加权，其范围分别为0.90-1.00、0.2-0.4、0.2-0.3和0.7-0.9；(5)根据下述方程5，分配每个dsRNA的Z值：[方程5]Z=100×ΣiWiZiMiΣiWi 其中i为整数，代表影响siRNA对靶mRNA抑制效率的因子，其中至少有一个是siRNA的相对结合能，Zi是给每个因子的分值，假设Z1＝Y，代表相对结合能，Mi是分配给每个因子的预定最大值，和Wi是基于W1分配给每个因子的预定加权；(6)将在步骤(5)获得的每个dsRNA的Z值降序排列，从而筛选dsRNA的预定前％；以及(7)应用筛选的dsRNAs抑制靶mRNA表达。