对多能干细胞的效用和安全性进行表征的功能基因组学研究

摘要

总体上，本发明涉及用于多能干细胞的参比数据集或“记分卡”；以及生成用于对多能干细胞系在期望用途中的功能性和适用性进行预测的记分卡的方法、系统和试剂盒。在一些方面，用于生成记分卡的方法包括使用选自于如下分析中的至少2种干细胞分析：表观遗传分析、分化分析以及基因表达分析，以对多能干细胞系在期望用途中的功能性和适用性进行预测。在一些实施方式中，可将记分卡参比数据集与多能干细胞数据进行比较，以有效且准确地对所述多能干细胞在给定应用中的效用进行预测；以及对所述多能干细胞的特异性特征进行鉴定，以测定它们在下游应用中的适用性，例如，它们在例如治疗用途、药物筛选和毒性分析、向期望细胞谱系分化等方面的适用性。

主权项

一种用于对细胞进行表征的组合物，所述组合物包含寡核苷酸或寡核苷酸对，所述寡核苷酸或寡核苷酸对扩增谱系标志物集的mRNA或cDNA，其中，所述谱系标志物集包含至少一种中胚层谱系标志物、至少一种内胚层谱系标志物和至少一种外胚层谱系标志物，其中，所述中胚层谱系标志物选自于：CD34、DLL1、HHEX、INHBA、LEF1、SRF、T、TWIST1、ADIPOQ、MME、KIT、ITGAL、ITGAM、ITGAX、TNFRSF1A、ANPEP、SDC1、CDH5、MCAM、FUT4、NGFR、ITGB1、PECAM1、CDH1、CDH2、CD36、CD4、CD44、ITGA4、ITGA6、ITGAV、ICAM1、NCAM1、ITGB3、CEACAM1、THY1、ABCG2、KDR、GATA3、GATA4、MYOD1、MYOG、NES、NOTCH1、SPI1和STAT3；所述外胚层谱系标志物选自于：NCAM1、EN1、FGFR2、GATA2、GATA3、HAND1、MNX1、NEFL、NES、NOG、OTX2、PAX3、PAX6、PAX7、SNAI2、SOX10、SOX9、TDGF、APOE、PDGFRA、MCAM、FUT4、NGFR、ITGB1、CD44、ITGA4、ITGA6、ICAM1、THY1、FAS、ABCG2、CRABP2、MAP2、CDH2、NEUROG3、NOTCH1、SOX2、SYP、MAPT和TH；以及所述内胚层谱系标志物选自于：APOE、CDX2、FOXA2、GATA4、GATA6、GCG、ISL1、NKX2‑5、PDX1、SLC2A2、SST、ITGB1、CD44、ITGA6、THY1、HNF1A、HNF1B、CDH2、NEUROG3、CTNNB1和SYP。