HCV基因分型算法

摘要

本发明涉及用于使用下一代测序、特别是离子半导体测序测定样品、例如临床样品中存在的病原体的基因型的方法。本发明还涉及包含用于实施本文公开的基因分型方法的计算机单元以及适合于执行本文公开的方法的软件产品的装置。

主权项

确定/检测样品中的病原体的存在或不存在和/或基因型和/或亚型的方法，所述方法包括以下步骤：a.提供怀疑含有病原体的样品，b.选择表明存在所述病原体的共有序列，c.确定选择的表明所述病原体的共有序列的核酸序列，d.使用(适合于序列比对的软件)BLAST将获得的核酸序列与表明所述病原体的已知基因序列进行比对，和e.基于选择的表明所述病原体的基因组区域的共有序列的核酸序列，确定病原体的基因型或亚型。