一种基于基因组LoF位点筛查间接关联猕猴桃种性的方法

摘要

本发明公开一种基于基因组LoF位点筛查间接关联猕猴桃种性的方法。它包括物种基因组序列的获取；序列的参考基因组比对和变异发掘与分类；LoF变异位点的筛查获取与类型划分；LoF变异位点的功能注释和归类；物种特有LoF变异信息的筛选及种性间接关联分析。本方法相比先前直接的猕猴桃物种种性人工观察和育种实验检测，具有更高的稳定性和重复性，从而使得物种种性的关联预测更加准确；使用本方法可以快速获取并预测特定猕猴桃种质的潜在种性特征和可育种利用价值，大大提高了资源评价和育种应用的效率。

主权项

一种基于基因组LoF位点筛查间接关联猕猴桃种性的方法，其特征在于，包括以下步骤：A、物种基因组序列的获取：获取猕猴桃物种的基因组短片段序列；B、序列的参考基因组比对和变异发掘与分类：将各猕猴桃物种的基因组短片段序列与中华猕猴桃参考基因组进行比对，然后进行比对猕猴桃物种所有位点的基因型确定和单碱基变异位点SNPs的识别和信息收集；再下载获取中华猕猴桃基因组参考编码基因集合，根据序列比对的位置确定比对的基因数量和具体边界，并基于每一个基因在中华猕猴桃基因组的具体位置将所有比对到编码基因的序列形成的SNP变异划分为基因间变异、基因编码区域的编码序列变异和内含子区域变异三个大的类型；C、LoF变异位点的筛查获取与类型划分：对于存在于基因编码区域的编码序列变异进行注释和效应预测，并区分同义和非同义变异两种类型，对于同义变异，进一步识别终止获取类型，对于非同义变异，进一步识别错配变异、抑制子变异和启动与终止密码丢失/获取变异；根据基因编码区域的编码序列变异的注释和效应预测，在所有变异位点中按照如下原则进行LoF变异位点的筛查：基因编码区域的变异导致永久的终止密码获取、基因编码区域小的插入缺失引起基因读码框转移、变异存在于小于2bp的剪切位点中；D、LoF变异位点的功能注释和归类：所有筛选出的LoF变异位点所在的基因编码区域的序列，在获取注释信息的基础上进行大的功能类别的富集分析；E、物种特有LoF变异信息的筛选及种性间接关联分析：收集猕猴桃物种的可显著观察的生态和表型数据集，利用LoF变异位点所在的基因编码区域的序列的功能类别所注释的信息以及每个类别中富集的LoF位点对应的基因数量与相关的生态表型数据进行线性相关分析，找出显著相关的功能信息重叠区，从而将所对应的LoF位点指定为物种种性的代表标记位点。