一种利用全基因组测序进行分离鉴定与精细定位水稻农艺性状基因的方法

摘要

本发明公开了一种利用全基因组测序进行分离鉴定与精细定位水稻农艺性状基因的方法，首先利用回交获得目标性状分离的3‑6代回交群体，选取目标性状差异最大的两个单株分别进行重测序，对测序结果中的杂合位点进行比较分析，筛选出目标性状候选位点；再利用回交F2群体连锁分析进行QTL分离鉴定与精细定位。本发明的方法能快速准确的鉴定并精细定位水稻QTLs，为其进一步的克隆与功能分析打下坚实基础。

主权项

一种利用全基因组测序进行分离鉴定与精细定位水稻农艺性状基因的方法，其特征在于：(1)以目标性状具有差异的两份水稻材料为亲本进行杂交，再以一方亲本为轮回亲本进行连续回交，获得目标性状分离、目标性状控制基因位点有且仅有杂合和轮回亲本两种基因型的3‑6代回交F1群体；(2)选取3‑6代回交F1群体中目标性状差异最大的两个单株分别进行全基因组重测序，或选取3‑6代回交F1群体中与轮回亲本在目标性状上差异最大的单株及该轮回亲本分别进行全基因组重测序；(3)以区间内杂合态多态的分布频率为统计指标，对步骤(2)全基因组重测序结果中的杂合位点进行比较分析，获得两份水稻材料间在杂合位点分布频率具有显著差异的区段，选取携带目标性状的测序单株中的杂合位点频率显著大的区段为调控目标性状的候选基因区段；(4)参照步骤(3)序列分析结果，在调控目标性状的候选基因区段设计引物，再利用步骤(2)测序的回交F1群体中目标基因为杂合型的单株自交产生的F2群体作为图位克隆群体，对候选基因区段与目标性状间的连锁关系进行分析，对控制目标性状的基因位点进行分离鉴定与精细定位。