一种环状RGD肽及其虚拟筛选方法

摘要

本发明涉及一种环状RGD肽的虚拟筛选方法。步骤如下：(1)虚拟筛选过程：以RGD三肽为先导化合物，通过计算机辅助药物设计软件Surflex‑dock，采用Hammerhead打分函数打分，从合成的现实角度出发，综合静电作用、范德华力、疏水作用和氢键进行打分，根据打分结果排序，初步确定环状RGD肽化合物；(2)对接过程：从蛋白质数据库PDB中下载编号1L5G蛋白，编号1L5G蛋白包括RGD肽和αvβ3，去除其中的RGD肽，将1L5G蛋白中剩余的αvβ3与步骤(1)中确定的环状RGD肽进行对接，筛选出打分高的六元环肽。本发明还提供一种上述环状RGD肽，所述环状RGD肽具有RGDfVK、RGDfKV、RGDKfV或RGDf(N‑me)VK氨基酸序列。有益效果：通过本发明虚拟筛选方法得到的环状RGD肽，与已知环肽相比具有较好的活性，与整合素受体亲和力强。

主权项

一种环状RGD肽的虚拟筛选方法，其特征在于，步骤如下：(1)虚拟筛选过程：以RGD三肽为先导化合物，通过计算机辅助药物设计软件Surflex‑dock，采用Hammerhead打分函数打分，从合成的现实角度出发，综合静电作用、范德华力、疏水作用和氢键进行打分，根据打分结果排序，初步确定环状RGD肽化合物；(2)对接过程：从蛋白质数据库PDB中下载编号1L5G蛋白，编号1L5G蛋白包括RGD肽和αvβ3，去除其中的RGD肽，将1L5G蛋白中剩余的αvβ3与步骤(1)中确定的环状RGD肽进行对接，筛选出打分高的六元环肽。