一种辅助诊断待测胎儿是否为21-三体综合征患者的试剂盒

摘要

本发明提供了一种辅助诊断待测胎儿是否为21‑三体综合征患者的试剂盒，包括核苷酸测序工具、samtools‑0.1.19软件、21‑三体综合征筛查程序和记载如下操作规程的载体：(1)取正常对照血样本以及待测血样本，测序；(2)在21‑三体综合征筛查程序中调用samtools‑0.1.19软件，将正常对照血样本以及待测血样本的测序结果输入21‑三体综合征筛查程序，输入“perl T21.pl ctrl test n”，程序输出x_i(i＝1～n)；$T=\frac{\bar{x}}{\mathrm{sd}\left(x\right)/\sqrt{n-1}}~t(n-1);$是x_i(i＝1～n)的平均值；sd(x)是x_i(i＝1～n)的标准差；$p={\int }_{-\infty }^T{t}_{(n-1)}\left(x\right)\mathrm{dx};$t_(n‑1)(x)是自由度为n‑1的t分布的概率密度函数；如果p﹤0.01，待测胎儿为候选的21‑三体综合征患者；如果p﹥0.01,待测胎儿为候选的非21‑三体综合征患者。

主权项

核苷酸测序仪器、samtools‑0.1.19软件、21‑三体综合征筛查程序和记载有如下操作规程和判断标准的载体在制备辅助诊断待测胎儿是否为21‑三体综合征患者的系统中的应用：(1)取一个正常对照血样本以及待测血样本，提取各个样本的基因组DNA，测序，得到各个样本的全基因组测序结果；(2)在21‑三体综合征筛查程序中调用samtools‑0.1.19软件，将步骤(1)得到的正常对照血样本的全基因组测序结果以及步骤(1)得到的待测血样本的全基因组测序结果输入21‑三体综合征筛查程序，程序输出x_i，i＝1～n，n为用于分割染色体的window的数量；是x_i的平均值；sd(x)是x_i的标准差；t_(n‑1)(x)是自由度为n‑1的t分布的概率密度函数；如果p﹤0.01，待测胎儿为候选的21‑三体综合征患者；如果p﹥0.01,待测胎儿为候选的非21‑三体综合征患者；所述核苷酸测序仪器为Ion Torrent^TM Personal Genome所述21‑三体综合征筛查程序如下：使用文件句柄模块；指定待比较的第一个样本为程序的第一个输入参数；指定待比较的第二个样本为程序的第二个输入参数；指定分割染色体的window的数量为程序的第三个输入参数；预处理第一个样本，具体步骤见后；得到第一个样本的总的染色体读数；得到第一个样本的21号染色体上每个window内的读数的百分比含量；预处理第二个样本，具体步骤见后；得到第二个样本的总的染色体读数；得到第二个样本的21号染色体上每个window内的读数的百分比；得到第一个样本和第二个样本每个window内的读数百分比的差值并输出x_i；以下函数为预处理样本的具体步骤：得到样本名；对原始数据进行过滤，仅保留质量值超过10的序列；建立索引；得到该样本在每条染色体上的读数；提取出该样本21号染色体的序列信息；以下函数将得到样本的总读数指定包含样本在每条染色体上的读数的信息的文件名；新建文件句柄；打开该文件；初始化总读数为0；读取文件的每一行，得到每条染色体上的读数，并计算总和；关闭文件；返回该样本的总读数；以下函数将得到样本在21号染色体的每个window内的读数的百分比；得到包含21号染色体的序列信息的文件名$file,21号染色体的总长度$total,分割染色体的window的数量$window_number,该样本的总读数$reads；计算得到步长，即染色体的总长度/总的window数量；新建文件句柄；声明数组；打开包含样本的21号染色体的序列信息的文件；读取文件的每一行，得到每个window内的读数；计算得到每个window内的读数的百分比；关闭文件；返回样本在21号染色体的每个window内的读数的百分比。