核酸探针和检测基因组片段的方法

摘要

本文尤其提供一种处理核酸样本的方法。在一些实施方案中，所述方法包括：a)使包含靶片段的样本与核酸探针杂交，所述核酸探针包含：i.头部序列和尾部序列，其中所述头部序列和所述尾部序列在第一寡核苷酸分子的末端处；以及ii.夹板序列，所述夹板序列依次包含：与所述头部序列互补的上游侧翼序列、与所述靶片段互补的靶标互补序列以及与所述尾部序列互补的下游侧翼序列；从而产生杂交产物，其中所述靶片段的末端可连接地邻近所述第一寡核苷酸分子中的头部序列和尾部序列的末端；以及b)将所述靶片段的末端连接至所述第一寡核苷酸分子的头部序列和尾部序列的末端，从而产生包含所述靶片段以及所述头部序列和尾部序列的环状产物。还提供用于进行所述方法的探针和试剂盒。

主权项

一种针对靶核酸片段的存在测试样本的方法，所述方法包括(i)提供片段化核酸的样本(ii)提供变性条件，在所述变性条件下所述靶片段为单链(iii)使所述样本与核酸探针相接触，所述核酸探针包含靶向寡核苷酸，所述靶向寡核苷酸比所述靶片段长并且包含内部靶标互补序列，以使得所述靶向寡核苷酸与所述靶片段之间的杂交形成位于所述靶向寡核苷酸的上游侧翼序列与下游侧翼序列之间的双链序列，以及分别具有游离的5’端和3’端的头部序列和尾部序列，其中所述头部序列和所述尾部序列分别与所述上游侧翼序列和所述下游侧翼序列互补，(iv)提供退火条件，在所述条件下所述头部序列和所述尾部序列与所述侧翼序列杂交，并且所述靶片段(如果存在)与所述靶标互补序列杂交，由此将所述靶片段的所述末端定位成与所述头部序列的所述5’端和所述尾部序列的所述3’端并置(v)提供用于连接的条件，以使得如果存在所述靶片段，则将所述靶片段的所述3’端连接至所述头部序列的所述5’端以形成第一连接接合点，并且将所述靶片段的所述5’端连接至所述尾部序列的所述3’端以形成第二连接接合点，从而产生双重连接的产物，所述产物包含核酸的连续链，所述核酸包含所述头部序列和所述尾部序列以及所述靶片段，其中所述连续链是核酸的环，以及(vi)检测是否存在所述双重连接的产物，其中检测到所述双重连接的产物指示所述样本中所述靶片段的存在。