一种优化生物表面活性剂分子结构的模拟方法

摘要

本发明公开了一种优化生物表面活性剂分子结构的模拟方法，其是通过特定的量子化学几何优化方法，优化生物表面活性剂的分子结构，用以明确分子动力学模拟中生物表面活性剂分子的稳定构型。该方法首先通过Materials Studio软件构建生物表面活性剂分子的初始构型，其次，利用Materials Studio软件DMol³Tools模块中Calculation对生物表面活性剂进行分子结构优化过程，最后，通过计算得到的振动频率判断生物表面活性剂分子的稳定构型。本发明模拟方法为生物表面活性剂性质的分子动力学模拟提供了一个准确稳定的分子模型，保证了模拟的准确性和可靠性。

主权项

一种优化生物表面活性剂分子结构的模拟方法，其特征在于，依次包括以下步骤：步骤一、构建初始模型，利用Materials Studio软件中的Sketch工具构建待计算的生物表面活性剂分子作为基本的分子结构数据文件；步骤二、对生物表面活性剂分子结构进行优化，利用DMol³模块中的Calculation对步骤一中的结构数据文件进行能量最小化处理，得到经能量最小化处理后的分子结构数据文件；步骤三、判断生物表面活性剂稳定构型，利用Vibrational Analysis提取经能量最小化处理后分子结构数据文件的振动频率参数，若提取的振动频率参数均为正值，则经能量最小化处理后的分子结构即为生物表面活性剂的稳定构型；若振动频率参数有负值，则对负值对应的分子结构沿振动方向进行微调，重复步骤二后，再根据振动频率参数进行判断，直至其振动频率参数均为正值。