摘要 |
相対結合自由エネルギー計算パスにおいてサイクルクロージャを用いて計算の一貫性および信頼性を評価する方法。本方法は、個々のリガンド組メンバーと受容体との間で複合体を形成するための、受容体と1組のリガンドの個々のメンバーとの間の結合の相対強度を決定するために用いられる。本方法において、閉じた熱力学的サイクルの各々について観察されるヒステリシス(複数の場合もある)の値(複数の場合もある)を確率的に導く、閉じた熱力学的サイクルの区画の各々に沿った自由エネルギー差およびこれらの自由エネルギー差に関する誤差分布の確率的決定によって、最も低い誤差を有する結合自由エネルギー差が決定される。 |