植物乳杆菌ST-III耐盐基因的筛选方法

摘要

本发明涉及一种植物乳杆菌ST-III(Lactobacillus plantarum ST-III)耐盐基因的筛选方法。本发明采用植物乳杆菌ST-III为材料，运用RNA-seq技术进行转录组测序分析，快速全面的筛选植物乳杆菌ST-III的耐盐基因，对植物乳杆菌ST-III耐盐机制、益生性能及产品开发具有重要的指导意义。

主权项

一种植物乳杆菌ST‑III(Lactobacillus plantarum ST‑III)耐盐基因的筛选方法，其特征在于：包括以下步骤：(1)收集在含盐及不含盐的培养基中生长的植物乳杆菌ST‑III菌体；(2)提取RNA，纯化，rRNA消除；(3)建库；(4)高通量测序；(5)获得差异表达序列；(6)检索及软件分析获得耐盐基因；其中，所述步骤(1)中植物乳杆菌ST‑III在不含有盐及含6％的NaCl的培养基中生长到对数中前期时收集菌体，4℃离心，弃上清；所述步骤(2)中提取RNA包括以下步骤：(a)将适量植物乳杆菌ST‑III菌体用液氮研磨；(b)加入TrizoL研磨，放置至溶解；(c)以上述液体于无菌管中，加入三氯甲烷混匀，4℃离心，取上清；(d)加入异丙醇，4℃离心，弃上清(e)70％无水乙醇洗沉淀，4℃离心；(f)无酶水溶解；(g)琼脂糖凝胶电泳检测，Nanodrop定量，‑80℃储存；所述步骤(c)重复两次；所述步骤(4)测序后使用TopHat软件将测序结果与参考基因组测序结果进行比对；所述步骤(5)中获得的差异表达基因进行筛选，选取差异表达2倍以上的基因；所述步骤(5)(6)中应用Cufflink软件对转录组进行差异表达分析。