一种提取蛋白质-小分子相互作用模块的方法

摘要

本发明涉及一种提取蛋白质-小分子相互作用模块的方法，具体是将蛋白质上构成小分子结合口袋的原子(或氨基酸)根据其性质进行定量化描述，然后对两两口袋原子(或氨基酸)之间的距离进行评估，建立距离矩阵，再利用聚类算法抽提出性质相似的口袋原子(或氨基酸)类别，最后通过后处理，获得蛋白质-小分子相互作用模块。可应用于生物信息学研究、蛋白质设计、药物筛选、小分子化学合成等多个方面。

主权项

一种提取蛋白质‑小分子相互作用模块的方法，所述方法包括以下步骤：(1)给定一组结合相同或者相似小分子的蛋白质，提取蛋白质上的小分子结合口袋；(2)对每个蛋白质上小分子结合口袋中的原子或氨基酸，根据其性质逐一进行定量化的描述；(3)计算任意两个小分子结合口袋原子或氨基酸之间的距离，构建小分子结合口袋原子或氨基酸距离矩阵；(4)根据小分子结合口袋原子或氨基酸距离矩阵进行聚类，抽取出性质相似的小分子结合口袋原子或氨基酸类别；(5)对每一类小分子结合口袋原子或氨基酸，进行后处理，获得蛋白质‑小分子结合相互作用模块。