一种适用于BRD4蛋白抑制剂的活性预测方法

摘要

本发明涉及一种适用于BRD4蛋白抑制剂的活性预测方法。采用分子对接和分子动力学模拟手段建立了一种在未知抑制剂活性情况下的“事前”活性评价方法，这种方法在BRD4抑制剂发现和进行分子设计的早期具有加快抑制剂甄别速度的重要作用，对于节约研发成本和提高研发效率具有重要意义。

主权项

一种适用于BRD4蛋白抑制剂的活性预测方法，具体步骤包括：(1)获得多个现有BRD4抑制剂的晶体复合物结构；(2)对所有晶体复合物进行分子动力学模拟，提取动力学模拟轨迹中的平均结构；(3)计算步骤(2)步中提取的每个轨迹中平均结构的绝对结合自由能；(4)生成自由能量值和实验测试活性值(实验测试活性通过公式[‑LOG(实际测试活性值)]转换为pIC50值)之间的线性拟合函数，二者之间的拟合曲线和拟合函数如图1所示；(5)采用分子对接法获得未知实验测试活性抑制剂和BRD4蛋白的结合方式信息，建立类似于步骤(2)的分子动力学模拟用分子体系，重复步骤(2)和步骤(3)，得到未知实验测试活性抑制剂的结合自由能值；(6)基于步骤(4)中的拟合函数预测未知实验测试活性抑制剂的活性。