无创检测胎儿染色体非整倍体的方法和系统

摘要

本发明属于医疗检测领域，公开了一种无创检测胎儿染色体非整倍体的方法和系统。在本发明公开的检测方法和系统中还涉及了消除染色体内和染色体间测序GC偏好性的方法和系统以及用于构建正常男胎中X、Y染色体的Z值之间的关系模型的方法和系统。本发明通过消除染色体内和染色体间测序GC偏好性的影响，构建正常男胎中X、Y染色体的Z值之间的关系模型，建立X染色体的Z值理论值与实际值差异的判定阈值，实现了胎儿染色体非整倍体，特别是性染色体非整倍体的准确检测。

主权项

一种消除染色体内和染色体间测序GC偏好性的方法，包括以下步骤：(1)全基因组测序：利用高通量测序平台对待测样品进行全基因组测序；(2)测序数据的准确定位：将测序得到的碱基序列与人类基因组标准序列hg19进行比对，确定测序获得的每条碱基序列在染色体上的确切位置；(3)测序数据的质控：剔除处于基因组串联重复位置及转座子重复位置的碱基序列，同时去除低质量、多匹配和非完全匹配到染色体上的碱基序列；(4)统计Unique碱基百分比：对步骤(2)中获得的序列，统计每条染色体的唯一匹配碱基数即Unique碱基数，并计算每条染色体的Unique碱基数占该样品所有染色体碱基序列的百分比；(5)优化染色体Unique碱基百分比：对步骤(4)中获得的样品的染色体的碱基百分比进行k均值聚类分析，然后根据每条常染色体所在的类别，在每个类别内分别运用H.Christina Fan提供的方法进行GC校正，即首先将整个染色体划分成20kb片段大小的非重叠区域，进而计算每个区域内各测序序列的GC值；以0.1％GC值差异对染色体上每个非重叠区域内的测序序列进行分组；统计每个GC值组内测序序列的数目，并将其与类别内所有染色体该区域内测序序列平均数的比值作为该组测序序列的GC权重，重新计算每条染色体的Unique碱基数及碱基百分比，进而实现对每条染色体上的Unique碱基百分比的GC校正。