棉花品种指纹图谱及数字化身份证的建立方法

摘要

一种棉花品种指纹图谱及数字化身份证的建立方法，包括步骤：S1、样本制备；S2、基因组DNA的提取和检测；S3、SSR-PCR分析；S4、数据统计；S5、指纹图谱的构建；S6、数字身份证的构建；S7、品种鉴定。通过上述方法所绘制的指纹图谱和数字身份证可以作为鉴定试验所用材料的标准化图谱，采用所列引物组合对现有的新陆早系列品种进行鉴定可以达到有效鉴定和区分的效果。其优点在于：(1)与现有资料相比，本发明制备的指纹图谱更加直观化，更具有实用性；(2)本发明获得新陆早系列材料各材料的身份证图谱都是唯一的，可以用于各材料的鉴定。

主权项

一种棉花品种指纹图谱及数字化身份证的建立方法，其特征在于，包括：步骤一、提供棉花品种并对不同品种的棉花进行编号，并制表以便于后续数据的处理与溯源；步骤二、基因组DNA的提取和检测：将上述提供的不同品种的棉花进行分组，每组实验材料随机连续选取10株，采集顶尖叶芽混合提取基因组DNA，提取方法参照Paterson等的方法，采用1.0％的琼脂糖凝胶电泳检测DNA的质量和浓度，‑20℃保存备用；步骤三、SSR‑PCR分析：引物来自于CMD和相应的参考资料，PCR反应体系为20ul，其中各成分为：10×Buffer(含Mg2+)2.0ul，dNTP 0.4ul，引物2ul，5U Taq DNS聚合酶0.2ul，模板DNA2ul，其余用ddH2O补充至20ul；扩增程序为：95℃预变性3min，94℃变性50s，55℃复性45s，72℃延伸50s，35个循环；72℃延伸7min，4℃保存，PCR反应在Bio‑Rad PCR仪中进行，扩增产物先在2.5％的琼脂糖凝胶上进行初步筛选，效果较好的再在6％的聚丙烯酰胺凝胶上电泳，银染显色，相机拍照、保存和计数；步骤四、数据统计：依据SSR扩增产物在电泳凝胶上的相对位置，在相同迁移位置上有带的记为“1”，无带的记为“0”；步骤五、指纹图谱的构建：根据扩增结果及分子量Marker的片段大小，估算条带的大小，构建全部的棉花样品的DNA分子指纹图谱及数字化身份证；其具体方法为：根据分子量Marker的片段大小的对数值与电泳迁移距离绘制DNA分子量标准曲线图，然后用直尺量出每个扩增片段在胶板上的迁移距离，依据DNA分子量标准曲线图计算出每个片段的分子量，同时根据“0，1”数据绘制标准化的指纹图谱，记为“0”的用白色空格表示，记为“1”的用黑色空格表示；步骤六、数字身份证的构建：为了提高DNA指纹身份证的实用性和参考价值，将图示化指纹图谱进一步数字化，选用多组数据构成每个品种的数字身份证，其中一组为实验样品名称，另外多组数据表示所用的核心鉴定引物及扩增片段的有无，表示为“引物1编号‑0或1‑引物2编号‑0或1‑... ...‑引物7编号‑0或1”；步骤七、品种鉴定：采用上述方法给出的实验操作方法及引物，进行相应的扩增，数据统计，将统计的数据与本专利给出的指纹图谱及数字身份证即可得到鉴定结果。