核酸序列拼接方法及装置

摘要

本发明公开了一种核酸序列拼接方法及装置，包括：接收测序序列，测序序列包括读段和测通数据；根据读段构建原始拼接图；将测通数据比对到原始拼接图的边上；从原始拼接图的边集中选择锚点边；构建以锚点边为中心的局部子图；化简局部子图，在化简结果中重复选择锚点边进行处理直至不存在新的锚点边；对处理后剩余的局部子图进行合并，将合并结果作为拼接结果输出。依据本发明的方法，通过将测通数据比对到由读段构建得的原始拼接图，从中选择出锚点边并据此构建局部子图，再通过对局部子图的化简和合并得到更长的路径，达到解决锚点边之间的重复序列的路径选择问题，进而可完成测序序列的拼接任务，为提升scaffold构建效果提供可能。

主权项

一种核酸序列拼接方法，其特征在于，包括：接收测序序列，所述测序序列包括读段和测通数据；根据所述读段构建原始拼接图；将所述测通数据比对到所述原始拼接图的边上；从原始拼接图的边集中选择锚点边，所述锚点边的两端没有分叉且跨过该锚点边的读段的路径没有冲突；构建以所述锚点边为中心的局部子图；化简所述局部子图，在化简结果中重复选择锚点边进行处理直至不存在新的锚点边；对处理后剩余的局部子图进行合并，将合并结果作为拼接结果输出。